Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 44.3% | 171.2 / 21.0 | 98 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/11); new base C (0/43); total (43/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGT > NC_000913/801969‑802264 | tAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑c > 2:1341022/1‑151 (MQ=255) gAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccg > 1:993818/1‑151 (MQ=255) aaCTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgc < 1:410598/151‑1 (MQ=255) tGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgccg > 2:640925/1‑150 (MQ=255) tGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGt > 1:431526/1‑151 (MQ=255) gCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAt > 2:962449/1‑151 (MQ=255) gTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAtt > 2:1054813/1‑150 (MQ=255) gTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAtt > 1:1345149/1‑150 (MQ=255) tGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCgg > 1:274982/1‑151 (MQ=255) tGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCgg > 1:706557/1‑151 (MQ=255) gCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGt > 2:1102035/1‑151 (MQ=255) tttttGTTTTTTCCCGGGCGGCATTTGGGGGGTTGGTTATCAAGCCTTCCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATGCCCGTTGCTCCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAATTTACCCGCCGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGt < 2:728299/149‑1 (MQ=255) ttttGGTATTTCCCTGGCTGCTATTGGGGGGCTGTTTACAAACCCTTTCCCGAACCCTTTCTTTTTTTTATTTGCCGTTCCGCCCTCAATGGGGGGGGTCGGTAATTTTCCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTa < 2:1021311/150‑1 (MQ=255) ttttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTAc > 1:984774/1‑151 (MQ=255) ttGGTATTTTCCGGGCGGCTATTGTGGGGCTGTTTATCAAGCTTTTCCCGAACCCTGTCGTCTTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGGGGTTGGTACTTTACCCGGCGGTGCTTTTAAAA‑CCTCCGCCGTATTAAGCGGTTAct < 1:836670/150‑1 (MQ=255) aTTTACCTGGCGGCCTTTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGCCGGTACCTTACCCGACGGTGCGTTAAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCa < 2:407763/150‑1 (MQ=255) ttcccTGGCGGCCTTTGGGGGGCTGGTTATCAAGCCTTCCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGGGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg < 1:1221307/147‑1 (MQ=255) ttcccTGGCGGCCATTGTGGGGCTGTTTATCAACCCTTTCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCACAATGGTGGTGGTCGTTACCTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg < 1:969056/147‑1 (MQ=255) 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ttATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCg > 1:799060/1‑151 (MQ=255) tacccGAGGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCg < 1:670167/147‑1 (MQ=255) ccgccgGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTa < 2:612610/150‑1 (MQ=255) ggtgtttttAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAAcacca < 1:816153/145‑1 (MQ=255) ggTGCTTTAAAAA‑CCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAAcacca < 2:1236671/151‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |