| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,767,140 | T→C | L53L (TTG→CTG) | rnlB → | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,767,140 | 0 | T | C | 98.8% | 304.7 / ‑4.2 | 80 | L53L (TTG→CTG) | rnlB | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (42/37); total (42/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
CCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCTTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGGAAATGAAATATGGCCGGATCATGCTGGATACGGCCAAAATTATTGATGAGCAGGACGTTCCGACACATATCCTGAGCAAACTGACTTTTACTTTACGTAATCAT > NC_000913/2766997‑2767286 | ccGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGGGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTgcg < 2:715609/150‑1 (MQ=255) cGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCt > 2:849940/1‑151 (MQ=255) cGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCt > 2:314189/1‑151 (MQ=255) aaTTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAAc < 1:1218877/151‑1 (MQ=255) aaCGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTc > 2:409852/1‑151 (MQ=255) aaCGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTc < 2:284591/151‑1 (MQ=255) gTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCag < 2:646089/151‑1 (MQ=255) ctcAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCag > 2:553762/1‑149 (MQ=255) tcAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGt > 1:694041/1‑151 (MQ=255) cAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGt < 2:251968/150‑1 (MQ=255) cAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTg > 1:810580/1‑151 (MQ=255) ggggCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGa < 1:13902/151‑1 (MQ=255) gCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAAcc < 1:981153/151‑1 (MQ=255) 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gCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGtt > 2:359708/1‑150 (MQ=255) cTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTAc > 2:919057/1‑151 (MQ=255) gTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACg < 1:1017908/150‑1 (MQ=255) gTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACg > 2:1045915/1‑150 (MQ=255) gTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACg < 2:82384/150‑1 (MQ=255) tATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCTTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGga < 1:1211386/150‑1 (MQ=255) aTGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCACTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGgaa > 1:931530/1‑150 (MQ=255) aTGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTCTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGgaa > 1:1028879/1‑150 (MQ=255) gACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGgaaatgaa > 1:652247/1‑150 (MQ=255) aCCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGgaaatgaaat < 2:375204/151‑1 (MQ=255) ccGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGga < 1:503809/142‑1 (MQ=255) ccGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGga > 2:503751/1‑142 (MQ=255) ttCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGGAAATGAAATATGGcc > 2:1083927/1‑151 (MQ=255) gagaACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGCAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGGAAATGAAATATGGCCgg > 1:221494/1‑150 (MQ=255) aCCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGGAAATGAAATATGGCCGGATCAt < 2:1185484/151‑1 (MQ=255) 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CCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCTTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGGAAATGAAATATGGCCGGATCATGCTGGATACGGCCAAAATTATTGATGAGCAGGACGTTCCGACACATATCCTGAGCAAACTGACTTTTACTTTACGTAATCAT > NC_000913/2766997‑2767286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |