| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,178,910 | T→C | S30S (AGT→AGC) | yegT → | nucleoside transporter, low affinity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,178,910 | 0 | T | C | 98.6% | 263.6 / NA | 71 | S30S (AGT→AGC) | yegT | nucleoside transporter, low affinity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (30/40); minor base A (0/1); total (30/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATTAAGTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAAGCTGTCGTTCATGATGTTTGTTGAATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTTGTGGTTAAGTAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAATTGGCTGGTCGTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGTCGCCAATTCTGGTTGGCTCCATCACTGACCGCTTTTTCTCGGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGC > NC_000913/2178764‑2179056 | tattaAGTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAAGCTGTCGTTCATGATGTTTGTTGAATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTTGTGGTTAAGCaaa < 1:94850/150‑1 (MQ=255)tattaAGTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAAGCTGTCGTTCATGATGTTTGTTGAATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTTGTGGTTAAGCaaa < 1:1240796/150‑1 (MQ=255) taAGTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAAGCTGTCGTTCATGATGTTTGTTGAATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTTGTGGTTAAGCAAAAGc < 1:80754/150‑1 (MQ=255) 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gttgtggttAAGCAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAATTGGCTGGTCGTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGTCGCCAATTCTGGTTGGCTCCATCACTGACCGCTTTTTCTCGGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTc < 1:502492/151‑1 (MQ=255) ttgtggttAAGCAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAATTGGCTGGTCGTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGTCGCCAATTCTGGTTGGCTCCATCACTGACCGCTTTTTCTCGGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTc < 2:99736/150‑1 (MQ=255) aaGCAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAATTGGCTGGTCGTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGTCGCCAATTCTGGTTGGCTCCATCACTGACCGCTTTTTCTCGGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGgcgc < 2:584112/150‑1 (MQ=255) | TATTAAGTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAAGCTGTCGTTCATGATGTTTGTTGAATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTTGTGGTTAAGTAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAATTGGCTGGTCGTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGTCGCCAATTCTGGTTGGCTCCATCACTGACCGCTTTTTCTCGGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGC > NC_000913/2178764‑2179056 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |