| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,449,100 | T→C | T24A (ACG→GCG) | rplP ← | 50S ribosomal subunit protein L16 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,449,100 | 0 | T | C | 98.9% | 312.9 / ‑4.2 | 89 | T24A (ACG→GCG) | rplP | 50S ribosomal subunit protein L16 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (33/55); total (33/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.38e-01 | |||||||||||
CGGTTTGTCCGGGAACACACGGATCCAGATCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGTACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTAACATCAGCGACGCTCCTTATTTACGGCCTTTACGCTGCTGCTTTTTAGGCTGAGCAGCCGGTTTTTCCGGTTG > NC_000913/3448954‑3449238 | cGGTTTGTCCGGGAACACACGGATCCAGATCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCAcc < 1:542969/150‑1 (MQ=255) ggTTTGTCCGGGAACACACGGATCCAGATCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCt > 2:517737/1‑151 (MQ=255) gggAACACACGGATCCAGATCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGAc > 2:749187/1‑151 (MQ=255) ggAACACACGGATCCAGATCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGAcc < 2:598744/151‑1 (MQ=255) gAACACACGGATCCAGATCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTATCATCCGCACCCTGCGCCAGACcg > 2:1250128/1‑151 (MQ=255) cacacGGATCCAGATCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCgg < 2:425023/151‑1 (MQ=255) cGGATCCAGATCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTAc < 1:841817/151‑1 (MQ=255) gATCCAGATTTTACCTTGACGCTTAACTGCACGAGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACCACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTAct < 2:242354/150‑2 (MQ=255) gATCCAGATCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACgg > 1:28759/1‑151 (MQ=255) gATCCAGATCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACgg > 1:922037/1‑151 (MQ=255) aTCCAGATCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGc > 1:1261384/1‑151 (MQ=255) tCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTtgtg > 2:956848/1‑151 (MQ=255) ttACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGc > 2:909065/1‑150 (MQ=255) tACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGc < 2:423109/149‑1 (MQ=255) tACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCa < 1:1216260/150‑1 (MQ=255) tACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCa < 1:1172253/150‑1 (MQ=255) tACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCAt > 1:970734/1‑151 (MQ=255) aCCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCAt < 1:185320/150‑1 (MQ=255) tGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCAtttt < 1:74685/149‑1 (MQ=255) tGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTa < 2:785825/150‑1 (MQ=255) gACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTAc < 1:1187479/150‑1 (MQ=255) gACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACg < 1:717519/151‑1 (MQ=255) gACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACg < 2:1079505/151‑1 (MQ=255) cGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGTACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGa < 1:175824/151‑1 (MQ=255) cGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACATGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGa < 1:31752/151‑1 (MQ=255) tAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAAttt > 2:1232310/1‑151 (MQ=255) tAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAAt < 2:896577/149‑1 (MQ=255) tAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAAt < 2:596595/149‑1 (MQ=255) aCTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTg < 2:1154481/151‑1 (MQ=255) aCTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTg < 1:1015504/151‑1 (MQ=255) aCTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTg < 2:928802/151‑1 (MQ=255) cTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTg > 1:1101796/1‑150 (MQ=255) gCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGt < 2:281669/149‑1 (MQ=255) gCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTAc < 1:421066/151‑1 (MQ=255) gCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTAc < 2:259798/151‑1 (MQ=255) gCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTAc < 2:183827/151‑1 (MQ=255) ggTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCttt < 2:1225810/151‑1 (MQ=255) gTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTg < 2:1142130/151‑1 (MQ=255) tCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTgg > 2:743462/1‑151 (MQ=255) tAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTg > 2:1294095/1‑151 (MQ=255) tAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTg > 2:841352/1‑151 (MQ=255) tAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTg > 1:991295/1‑151 (MQ=255) aGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTg < 2:483992/150‑1 (MQ=255) gCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTa < 1:1093798/151‑1 (MQ=255) 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cAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTAACATCAGCGACGCTCCTTATTTACGGCCTTTACGCTGCTGCTTTTTAGGCTGagc > 1:29332/1‑150 (MQ=255) gACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTAACATCAGCGACGCTCCTTATTTACGGCCTTTACGCTGCTGCTTTTTAGGCTGagcagc > 2:673855/1‑151 (MQ=255) cGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCGCCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTAACATCAGCGACGCTCCTTATTTACGGCCTTTACGCTGCTGCTTTTTAGGCTGAGCAGCCgg < 1:776408/151‑1 (MQ=255) gAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGGCCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTAACATCAGCGACGCTCCTTATTTACGGCCTTTACGCAGCTGCTTTTTAGGCTGAGCAGCCGGt < 1:984250/151‑1 (MQ=255) aaGCTGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTAACATCAGCGACGCTCCTTATTTACGGCCTTTACGCTGCTGCTTTTTAGGCTGAGCAGCCGGtt > 2:825373/1‑151 (MQ=255) tGCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTAACATCAGCGACGCTCCTTATTTACGGCCTTTACGCTGCTGCTTTTTAGGCTGAGCAGCCGGTTTTTc > 2:91317/1‑151 (MQ=255) gCCGAAGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTAACATCAGCGACGCTCCTTATTTACGGCCTTTACGCTGCTGCTTTTTAGGCTGAGCAGCCGGTTTTTc < 2:696817/150‑1 (MQ=255) aaGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTAACATCAGCGACGCTCCTTATTTACGGCCTTTACGCTGCTGCTTTTTAGGCTGAGCAGCCGGTTTTTCCGgtt > 2:914493/1‑151 (MQ=255) aGCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTAACATCAGCGACGCTCCTTATTTACGGCCTTTACGCTGCTGCTTTTTAGGCTGAGCAGCCGGTTTTTCCGgttg < 1:519214/151‑1 (MQ=255) gCTAACATCCGCACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTAACATCAGCGACGCTCCTTATTTACGGCCTTTACGCTGCTGCTTTTTAGGCTGAGCAGCCGGTTTTTCCGgttg < 1:1002176/150‑1 (MQ=255) | CGGTTTGTCCGGGAACACACGGATCCAGATCTTACCTTGACGCTTAACTGCACGGGTCATAGCACGACGTGCTGCTTCGATCTGACGGGCAGTCAGACGACCACGGCCAACAGCTTTCAGACCGAAGCTGCCGAAGCTAACATCCGTACCCTGCGCCAGACCGCGGTTACGGCCTTTGTGCATTTTACGGAATTTTGTACGCTTTGGTTGTAACATCAGCGACGCTCCTTATTTACGGCCTTTACGCTGCTGCTTTTTAGGCTGAGCAGCCGGTTTTTCCGGTTG > NC_000913/3448954‑3449238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |