Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,159,837 | 0 | A | G | 44.1% | 83.1 / 25.8 | 68 | I572T (ATC→ACC) | fhuE | ferric‑rhodotorulic acid outer membrane transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/27); new base G (30/0); total (41/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTGCCTGAACTGTCAC > NC_000913/1159689‑1159987 | gTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTCGCTGCCGGGGATa < 1:578128/151‑1 (MQ=255) tCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAgg < 1:1312531/150‑1 (MQ=255) ccTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTgg < 2:257457/150‑1 (MQ=255) ctctGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTTCGGCCGGGGATAAGTGTACCGgggg > 2:510549/1‑149 (MQ=255) tctGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTTGCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGGGTACCGGTgg > 2:1580253/1‑148 (MQ=255) gCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGTGTACCGGGGGACt > 2:1210038/1‑148 (MQ=255) gCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACt < 2:982818/148‑1 (MQ=255) cAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCTCCGTTGCTGCCCGGGGTAGGAGTCACGGTgggc > 1:109185/1‑144 (MQ=255) ataGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACa < 1:664809/151‑1 (MQ=255) taGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTTGGCGTTGCCGCCCGGGATATGGGTACCGGTGGTATGAGAGACa > 1:436052/1‑150 (MQ=255) cgcgTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTTGCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGTGTACCGGTGGGCTGAGCGACATTAt > 1:824559/1‑151 (MQ=255) cAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTTGCCGTTTCGGCCGGGGGGGGGTGTACCCGTGGGCTGAGCGACATTATCCTGCTCaa > 2:118271/1‑150 (MQ=255) cAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAAt < 2:1013034/151‑1 (MQ=255) aaaTGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGGTGCTGCCGGGGATAGGGGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCaa > 2:1213596/1‑149 (MQ=255) aaTGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATAc < 2:824623/151‑1 (MQ=255) aTGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACg < 2:568825/151‑1 (MQ=255) tGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTTCCCGTTGCTGCCGGGGGAAGGGGTTCCGGGGGGCTGGGGAAAATTATCCTGCt > 2:893402/1‑143 (MQ=255) gTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACgg < 1:1036917/150‑1 (MQ=255) cAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGGCGGGGGTAGGGGGACCGGTGGGGTGGGGGAGATTATTCTGCTCaaaaaggga > 1:279753/1‑143 (MQ=255) gCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑t < 2:957167/151‑1 (MQ=255) tGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTATCCCGTTATCCCTGGGGCAGGGGGACCGGGGGAGTGGGCGACAGTATACTAATCAATTCGGAAGA‑ttg > 2:1487510/1‑149 (MQ=255) gCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGTGTACCCGGGGGCTGAGCGGCCTTATCCTGCTCAATACGGGAGA‑Tgg > 1:417351/1‑150 (MQ=255) cAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGTGTACCGGTGGGCTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGc > 2:397382/1‑149 (MQ=255) gTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCCTTGCTTCCGGGGGTAAGGGTACCCGTGGAATGAGCGACATTATTCTGCTCCATACGGAAGA‑AGGGTaa > 1:119170/1‑150 (MQ=255) ggTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGTGTACCGGGGGGCTGAGCGAAATTATCCTGCTCAATACGGGAGA‑TGGCTAACgtgg > 2:1370696/1‑149 (MQ=255) ggTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACgtggtg < 1:829313/151‑1 (MQ=255) aaTTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGGGTACCGGGGGGCTGGGCGGCAATATCCTGCTCAATACCGAAGA‑TGGCTaaagggggg > 1:1501458/1‑141 (MQ=255) gcgcCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGGACCGGTGGACTGAGCGGCATTATCCTTCTCAATACGGGAGA‑TGGCTAAAGtggggg > 2:760/1‑145 (MQ=255) gcCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGGTTTGCCCCTTGCGGCGGGGGA‑AGGGGTACCGGTGGCATTCGCGACATTATCCTGCTCCAAAAGGAAGAGTGGTTAAccgggggggccacgg > 2:995533/1‑137 (MQ=255) gcCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTTGCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGTGTACCGGTGGGCTGAGCGGCATTATCCTGCTCAATACGGGAGA‑TGGCTAACGGGGGGGTCAGACgg > 2:1182872/1‑151 (MQ=255) gcCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTTCTGCCGGGGGGAGGGGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGGGGTCAGACgg > 2:1679940/1‑151 (MQ=255) ccGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTTAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGc < 2:1576742/151‑1 (MQ=255) ccGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCCCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGTGTACCCGGGGGCTGAGCGACATTATTCTGCTCCATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGGGGTCAGACgg > 1:1072047/1‑150 (MQ=255) tGAGTTCAAATTCCACCTCTTTACTGACTGTCCCATCCTCCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACTGAATA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTAt < 1:645065/150‑1 (MQ=255) tGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCCTTGCTGCCGGGGGTAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCCATACGGAAGA‑TGGGTAACGGGGGGGGCAGACGGCTAtt > 1:359362/1‑151 (MQ=255) gTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTTGCCGTTGCTGCCGGGGGGAGGGGTACCGGTGGGCTGAGCGACGATATTCTTCTCCATACGGGAGA‑AGGCTAACGCGGGGGGCAGGAGGCTAtt > 2:331943/1‑148 (MQ=255) gTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCAt < 2:979325/151‑1 (MQ=255) aaaTTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGGGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGGCAGACGGCTATTCATcc > 2:727014/1‑149 (MQ=255) tCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGGTTCTGCCGGGGGTAGGTGTACCGGGGGGCTGAGCGACATTATCCTGCTCCATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGGGGGCAGACGGCTATTCCTCCAGTcc > 2:772969/1‑150 (MQ=255) ccccTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTTCTGCCGGGGATAGGGGTACCGGGGGGCTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGGCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGAttt > 2:230151/1‑151 (MQ=255) ccccTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGAttt < 1:1527487/151‑1 (MQ=255) cccTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTc < 2:476766/151‑1 (MQ=255) ccTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGGGTACCGGGGGGCTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGGTAACGTGGGGGGCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGAttt > 1:591973/1‑149 (MQ=255) 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gC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTAGCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGCCACAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAg < 2:183656/151‑1 (MQ=255) c‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGc > 1:474251/1‑151 (MQ=255) ggTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGcc > 1:1416196/1‑151 (MQ=255) ggTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGc < 1:1487411/150‑1 (MQ=255) tttCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGcc > 1:508350/1‑149 (MQ=255) cGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGata < 1:995456/151‑1 (MQ=255) ccGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATAtt < 2:1001517/151‑1 (MQ=255) cGTTGCTGCCAGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATAtt < 1:165105/150‑1 (MQ=255) gTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTg > 1:1394766/1‑151 (MQ=255) gcCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTGCCTGaa < 2:695210/151‑1 (MQ=255) aTAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTGCCTGAACTGTCAc > 2:1178443/1‑151 (MQ=255) | GTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGC‑GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGA‑TGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTGCCTGAACTGTCAC > NC_000913/1159689‑1159987 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |