| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,377,215 | A→G | L69P (CTG→CCG) | sspA ← | stringent starvation protein A, phage P1 late gene activator, RNAP‑associated acid‑resistance protein, inactive glutathione S‑transferase homolog |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,377,215 | 0 | A | G | 99.1% | 400.5 / NA | 115 | L69P (CTG→CCG) | sspA | stringent starvation protein A, phage P1 late gene activator, RNAP‑associated acid‑resistance protein, inactive glutathione S‑transferase homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (69/45); minor base C (1/0); total (70/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
ATGATGGTGTTCATCAGCGTGTACCAGTCTTTTTCGATGCGATGCATGTACAGACGGCTTTCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTAT > NC_000913/3377068‑3377359 | gatgGTGTTCATCAGCGTGTACCAGTCTTTTTCGATGCGATGCATGTACAGACGGCTTTCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACGGGGTc < 2:1364881/151‑1 (MQ=255) atgGTGTTCATCAGCGTGTACCAGTCTTTTTCGATGCGATGCATGTACAGACGGCTTTCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACGGGGTc > 1:1231858/1‑150 (MQ=255) atgGTGTTCATCAGCGTGTACCAGTCTTTTTCGATGCGATGCATGTACAGACGGCTTTCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACGGGGTCa < 1:339842/151‑1 (MQ=255) 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gATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTcagcc > 1:715356/1‑149 (MQ=255) atTCCATAATGATGCGAGATTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGca < 1:1694833/150‑1 (MQ=255) tCCATAATGATGCGAGATTCCCACGGGGTCAGCTCTCGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGcaca > 1:1334567/1‑150 (MQ=255) tCCATAATGATGCGAGATTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGcaca < 1:228951/150‑1 (MQ=255) ccATAATGATGCGAGATTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAAt > 2:94489/1‑151 (MQ=255) tAATGATGCGAGATTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCg > 1:289460/1‑151 (MQ=255) atgatgCGAGATTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCgg > 1:1324743/1‑150 (MQ=255) gatgCGAGATTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGAcc > 2:306881/1‑151 (MQ=255) atgCGAGATTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCt < 2:1661588/151‑1 (MQ=255) gCGAGATTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTg < 1:267551/150‑1 (MQ=255) cGAGATTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGa > 2:989429/1‑150 (MQ=255) gagaTTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATg > 1:766902/1‑151 (MQ=255) gagaTTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATg < 2:1503670/151‑1 (MQ=255) aTTCCCACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCt > 1:763828/1‑151 (MQ=255) cccACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCtat < 2:902084/150‑1 (MQ=255) ccACGGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCta > 2:721303/1‑148 (MQ=255) cacgGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCtat > 1:1301278/1‑148 (MQ=255) | ATGATGGTGTTCATCAGCGTGTACCAGTCTTTTTCGATGCGATGCATGTACAGACGGCTTTCACCGCGAGCTACCGGGTAAACAGGCATCAGTGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTAT > NC_000913/3377068‑3377359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |