| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,421,201 | G→A | T356T (ACG→ACA) | yhdX → | putative amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,421,201 | 0 | G | A | 92.2% | 299.9 / ‑1.7 | 91 | T356T (ACG→ACA) | yhdX | putative amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/6); new base A (57/26); total (59/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.49e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTATTGCTGTCTCA > NC_000913/3421053‑3421347 | gcCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACagg < 2:1435200/151‑1 (MQ=255) cAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGc > 1:1480715/1‑151 (MQ=255) aGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGc > 2:387727/1‑150 (MQ=255) aGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGc > 2:1635621/1‑150 (MQ=255) aGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGCa < 2:1565474/151‑1 (MQ=255) ggTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGCaa < 1:1183019/151‑1 (MQ=255) ggTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGCa > 2:598562/1‑150 (MQ=255) tCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGCAAGc > 2:829204/1‑151 (MQ=255) 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ttattCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGCAAGCCAt > 2:1528487/1‑151 (MQ=255) cAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGCAAGCCATCGAGACg > 2:1289251/1‑150 (MQ=255) ggCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGCAAGCCATCGAGACGATa < 2:1355757/151‑1 (MQ=255) gCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGCAAGCCATCGAGACGAt > 2:806510/1‑149 (MQ=255) gCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGCAAGCCATCGAGACGATAg < 1:1535522/151‑1 (MQ=255) 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gCCGGCACCGTGCTGAATCAGACAGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCatgatg > 2:1641806/1‑150 (MQ=255) cACCGTGCTGAATCAGACAGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACaaa > 1:1008854/1‑150 (MQ=255) cACCGTGCTGAATCAGACAGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACaaa > 1:664093/1‑150 (MQ=255) gTGCTGAATCAGACAGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTAt > 1:1022173/1‑151 (MQ=255) gCTAAACCAGACGGGGCAACCAACCGAGACGATAGCCATGCCCTTGTCGTTCTATCTGATTACCACCCTGACTTTCTCGCTGTTGATAAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTAtt < 2:1128857/150‑1 (MQ=255) cTGAATCAGACAGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTATTGc > 2:1692934/1‑151 (MQ=255) tGAATCAGACAGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTATTGCt > 1:1392060/1‑151 (MQ=255) aaTCAGACGGGGAACGCCATGGAGCCAATACCAATGACCTGCTGGGTCTATTTAATTACCACCCTCCCTATCTCGCTGCTAATAAATATCTAAAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTATTGCTg < 2:1247093/150‑1 (MQ=255) ataaGACAGGGCAAGCCTTCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTTTATCTAATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATAAATATTTAAAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTATTGCTGtc < 2:1611808/148‑1 (MQ=255) accAGACGGGAAAACCCATGGAGACGATAGCCATGCCCATGTGGTTCTTTTTGATTACCAGCCTGATTATCTCGCTGCTGATAAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTATTGCTGtc < 2:117015/149‑1 (MQ=255) tCAGACAGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTATTGCTGtct > 2:173398/1‑151 (MQ=255) cAGACAGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTATTGCTGtctc > 1:280321/1‑151 (MQ=255) aGACCGGGAAAGCCATCTAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTATTGCTGtctc > 1:1359881/1‑150 (MQ=255) gACAGGGCAAGCCAGCGAGACGATAGCCAGGACCATGTCGTTTTTTCTGTTTATCACCCTGACTATCTCGCTGCTAATAAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTATTGCTGTCTCa < 2:989189/150‑1 (MQ=255) | GCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTATTGCTGTCTCA > NC_000913/3421053‑3421347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |