| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,505,857 | A→G | V55A (GTG→GCG) | yhfS ← | FNR‑regulated pyridoxal phosphate‑dependent aminotransferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,505,857 | 0 | A | G | 96.2% | 226.1 / ‑3.0 | 82 | V55A (GTG→GCG) | yhfS | FNR‑regulated pyridoxal phosphate‑dependent aminotransferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (35/41); total (36/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
GTCGTCGGGTAAACAGGCGCGTCATGCACCAGAAGACGCTGCCCCGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCACACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGCCTAAATCACCGCCAGTAAGAAACTCGCTGCCGGGGAAATGGCGACAAATGCTATCCACCAGCGCAAACTGCTTTTGCTGCGCCTCAATAATCGTCAGGCTTTGC > NC_000913/3505710‑3506003 | gtcgtcGGGTAAACAGGCGCGTCATGCACCAGAAGACGCTGCCCCGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCgcac > 2:435573/1‑151 (MQ=255) cgtcgGGTAAACAGGCGCGTCATGCACCAGAAGACGCTGCCCCGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGc > 1:253264/1‑151 (MQ=255) cgtcgGGTAAACAGGCGCGTCATGCACCAGAAGACGCTGCCCCGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGc > 2:1363727/1‑151 (MQ=255) cgGGTAAACAGGCGCGTCATGCACCAGAAGACGCTGCCCCGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTgg < 2:1358741/151‑1 (MQ=255) ggTAAACAGGCGCGTCATGCACCAGAAGACGCTGCCCCGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGt < 1:1331444/151‑1 (MQ=255) aaaCAGGCGCGTCATGCACCAGAAGACGCTGCCCCGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCAGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑aa < 2:1539595/150‑1 (MQ=255) aCAGGCGCGTCATGCACCAGAAGACGCTGCCCCGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AAcg > 2:409916/1‑150 (MQ=255) aGGCGCGTCATGCACCAGAAGACGCTGCCCCGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AAcgcgc < 2:68105/151‑1 (MQ=255) 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tGCCCCGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGc > 1:969178/1‑151 (MQ=255) cccGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGCCTa < 2:420610/151‑1 (MQ=255) ccGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGCCTa > 1:183547/1‑150 (MQ=255) cGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGCCTaaa < 1:394853/151‑1 (MQ=255) cGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGCCTaaa < 1:587868/151‑1 (MQ=255) cGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGCCTaaa < 2:80651/151‑1 (MQ=255) cGGTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGCCTaaa < 1:759595/151‑1 (MQ=255) gTTTGAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGCCTAAAt > 1:1504580/1‑150 (MQ=255) gAGCAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGCCTAAATCAcc < 2:968434/150‑1 (MQ=255) cAAAGCCGCCAGCCCGGCGCGAATCGCGCCAGTCCCCGCGCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGCCTAAATCACCGcc > 1:1305771/1‑150 (MQ=255) 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ccGCGCCCGGCCCCGGCGCCGCGGCCTGTGCGTGAAATGCAACAGCCAGCCCCTGTCCCACACGCTGGGT‑AACGCGGGGTTGATTCAGCCCGGGCGTTAAGCCTAAATCACCGCCAGTAAGAAACTCGCTGCCGGGGAAATGGCGACAAAt < 1:1242343/151‑1 (MQ=255) cgcgCCCTGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGCCTAAATCACCGCCAGTAAGAAACTCGCTGCCGGGGAAATGGCGACAAATg > 1:733135/1‑151 (MQ=255) cgcCCTGCCCCAGCGCCGCAGCTTGTGCGTAAAATGCATCAGCCAGCCCCTGTCCCGCCCGCGGGGT‑AACGCGCGGTGGATTCAGTCCGGGCGTTAAGCCTAAATCTCCGCCAGTAAGAAACTCGCTGCCGGGGAAATGGCGACAAATGCt < 1:1557569/151‑1 (MQ=255) tGCACCAGCGCCGCAGCCTGTGCGTGAAATGCATCAGCCAGCACCTGTTCCGCACGCTGGGT‑AACGCGCGGTTGATTCAGTCCTGGCGTTAAGCCTAAATCACCGCCAGTAAGAAACTCGCTGCCGGGGAAATGGCGACAAATGCTATcc > 2:1662427/1‑150 (MQ=255) cgccacggcggCCTGGGGGTGAAACGCATCCGCCACCCCTGGTACCGCACGCTGGGT‑AACGGGGGGTGGATTCGGCCCTGGCTTTAAGCCTAAAACACCGCCAGTAAGAAACTCGCTGCCGGGGAAATGGCGACAAATGCTATCCACCAgc < 2:1491721/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |