| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,453,330 | A→G | N254D (AAC→GAC) | ytfT → | putative sugar ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,453,330 | 0 | A | G | 96.3% | 375.2 / 3.7 | 109 | N254D (AAC→GAC) | ytfT | putative sugar ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base G (56/49); total (57/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.59e-02 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGG > NC_000913/4453183‑4453477 | cGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCgacaac < 1:1379934/151‑1 (MQ=255) gAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACg > 1:1400444/1‑151 (MQ=255) aaGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGc > 2:113261/1‑151 (MQ=255) aGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCt < 1:482773/151‑1 (MQ=255) ccGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTg < 2:746161/150‑1 (MQ=255) ccGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTg < 2:1525127/150‑1 (MQ=255) gTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTggg > 1:1180888/1‑150 (MQ=255) gTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTggg > 1:893933/1‑150 (MQ=255) gTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGt > 2:1393670/1‑151 (MQ=255) gTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGt > 1:743186/1‑151 (MQ=255) ttGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGtt > 1:285399/1‑151 (MQ=255) gTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATg < 2:1078016/151‑1 (MQ=255) cAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGgctg > 2:133316/1‑151 (MQ=255) aaCATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGgctgg < 2:1701057/151‑1 (MQ=255) aCATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGgctgga < 1:79883/151‑1 (MQ=255) aTTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGgctggagc < 1:379208/151‑1 (MQ=255) aTTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGAAAACGCTGGGTTATGgctggag > 1:1189655/1‑150 (MQ=255) gggCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGgctggagctgga < 1:1608808/151‑1 (MQ=255) 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gggTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 2:265326/151‑1 (MQ=255) gTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGa < 1:415334/151‑1 (MQ=255) aaaCACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGAt < 2:894013/150‑1 (MQ=255) acacGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTgg > 2:428849/1‑151 (MQ=255) acacGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTgg < 1:457949/151‑1 (MQ=255) 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aTCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTc > 2:1376816/1‑151 (MQ=255) aTCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTc < 2:1235164/151‑1 (MQ=255) cGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCa < 2:372719/150‑1 (MQ=255) ttGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGGGCTGATTATTCAgg > 1:558601/2‑151 (MQ=255) tGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAggg > 2:353876/1‑151 (MQ=255) tGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAggg > 1:832105/1‑151 (MQ=255) ggcggcGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAgggg < 1:113252/151‑1 (MQ=255) ggcggcGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAgggg < 1:428814/151‑1 (MQ=255) ggcggcGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAgggg < 2:1370500/151‑1 (MQ=255) ggcggcGGATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAggg < 2:1400536/150‑1 (MQ=255) cggcggATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGAt < 1:1322171/151‑1 (MQ=255) ggcggATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATg < 1:1504896/151‑1 (MQ=255) cggATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGaa < 1:934501/151‑1 (MQ=255) cggATATTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGACCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGGGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGa > 1:35412/1‑150 (MQ=255) cggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGaa < 1:1090401/151‑1 (MQ=255) atTCGCGGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCg > 2:1058112/1‑151 (MQ=255) gcgGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAAt > 1:560195/1‑151 (MQ=255) gcgGTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAAt > 1:1310388/1‑151 (MQ=255) ggTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAAttt > 2:1444461/1‑151 (MQ=255) gTGCCGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAAtttt < 2:521868/151‑1 (MQ=255) ccGATGCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCt < 2:1634699/151‑1 (MQ=255) gCCGACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCgg > 2:969216/1‑151 (MQ=255) | ATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCGGCGATTGCGGGCATTATCGTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGG > NC_000913/4453183‑4453477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |