| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,109,302 | A→G | intergenic (‑361/‑33) | opgC ← / → opgG | OPG biosynthetic transmembrane succinyltransferase/OPG biosynthetic periplasmic beta‑1,6 branching glycosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,109,302 | 0 | A | G | 98.3% | 425.9 / ‑1.3 | 117 | intergenic (‑361/‑33) | opgC/opgG | OPG biosynthetic transmembrane succinyltransferase/OPG biosynthetic periplasmic beta‑1,6 branching glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (53/62); total (55/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATCGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGCAAGCTCAATCTTTAGCCGGGAAAGGCT > NC_000913/1109156‑1109452 | cTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATCGATATAAGCACACAAAGGGGGGAGt > 2:1301375/1‑150 (MQ=255) ttAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATCGATATAAGCACACAAAGGGGGGAGTg < 1:1015317/149‑1 (MQ=255) ttAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATCGATATAAGCACACAAAGGGGGGAGTGc < 2:723535/150‑1 (MQ=255) 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aaGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGCAAGCTCAATCTTTAGCCGGGAAAGGCt > 1:1711460/1‑151 (MQ=255) | CTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATCGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGCAAGCTCAATCTTTAGCCGGGAAAGGCT > NC_000913/1109156‑1109452 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |