| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,202,387 | T→C | T183A (ACA→GCA) | cohE ← | e14 prophage; repressor protein phage e14 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,202,387 | 0 | T | C | 96.9% | 352.6 / 0.8 | 98 | T183A (ACA→GCA) | cohE | e14 prophage; repressor protein phage e14 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (51/44); total (52/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.65e-02 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |