| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,923,142 | G→A | intergenic (‑173/+223) | pphA ← / ← yebY | serine/threonine‑specific protein phosphatase 1/DUF2511 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,923,142 | 0 | G | A | 97.9% | 365.1 / ‑1.6 | 95 | intergenic (‑173/+223) | pphA/yebY | serine/threonine‑specific protein phosphatase 1/DUF2511 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (50/43); total (50/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 | |||||||||||
TCACATAATCTTAACAAGAATGTTAAAAAACGCTGGACTCAGACAGTAGAGTGTGTGTTATGGTTGACTATAAAGTCAGCGAAGGAAATGCTTCTGGCTTTTAACAGATAAAAAGAGACCGAACACGATTCCTGTATTCGGTCCAGGGAAATGGCTCTTGGGAGAGAGCCGTGCGCTAAAAGTTGGCATTAATGCAGGCTTAGTTGCCTTGCCCTTTAAGAATAGATGACGACGCCAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGC > NC_000913/1922995‑1923284 | tCACATAATCTTAACAAGAATGTTAAAAAACGCTGGACTCAGACAGTAGAGTGTGTGTTATGGTTGACTATAAAGTCAGCGAAGGAAATGCTTCTGGCTTTTAACAGATAAAAAGAGACCGAACACGATTCCTGTATTCGGTCCAGGaaa > 1:689348/1‑150 (MQ=255) cacaTAATCTTAACAAGAATGTTAAAAAACGCTGGACTCAGACAGTAGAGTGTGTGTTATGGTTGACTATAAAGTCAGCGAAGGAAATGCTTCTGGCTTTTAACAGATAAAAAGAGACCGAACACGATTCCTGTATTCGGTCCAGGAAAAt > 1:671629/1‑151 (MQ=255) acaTAATCTTAACAAGAATGTTAAAAAACGCTGGACTCAGACAGTAGAGTGTGTGTTATGGTTGACTATAAAGTCAGCGAAGGAAATGCTTCTGGCTTTTAACAGATAAAAAGAGACCGAACACGATTCCTGTATTCGGTCCAGGAAAATg > 2:907238/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |