| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,974,562 | T→C | T255A (ACG→GCG) | cheA ← | fused chemotactic sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CheB and CheY: sensory histidine kinase/signal sensing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,974,562 | 0 | T | C | 99.1% | 412.2 / ‑3.9 | 114 | T255A (ACG→GCG) | cheA | fused chemotactic sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CheB and CheY: sensory histidine kinase/signal sensing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (59/54); total (59/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
ATCAAATCACCATGATTAACCGGGTCCAGTTCGCTGGAACGCTGGGCAAGCATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCGCTACACGGATGCTGGTGGATTCATTGCTGCGCGTCGTTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACAGAGTACCGCTGTGATGTCAT > NC_000913/1974414‑1974708 | aTCAAATCACCATGATTAACCGGGTCCAGTTCGCTGGAACGCTGGGCAAGCATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCGCTACACGGATGCTGGTGGATTCATTGCTGCGCGTCGctt < 2:356961/151‑1 (MQ=255) cAAATCACCATGATTAACCGGGTCCAGTTCGCTGGAACGCTGGGCAAGCATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCGCTACACGGATGCTGGTGGATTCATTGCTGTGCGTCGctttt < 2:704527/151‑1 (MQ=255) aaTCACCATGATTAACCGGGTCCAGTTCGCTGGAACGCTGGGCAAGCATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCGCTACACGGATGCTGGTGGATTCATTGCTGCGCGTCGCTTTTTc > 2:787634/1‑151 (MQ=255) 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ggtggATTCATTGCTGCGCGTCGCTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACa < 2:109760/150‑1 (MQ=255) gtggATTCATTGCTGCGCGTCGCTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACaga < 1:561790/151‑1 (MQ=255) gtggATTCATTGCTGCGCGTCGCTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACaga < 1:1606072/151‑1 (MQ=255) ggATTCATTGCTGCGCGTCGCTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACAGAGt > 1:1364288/1‑151 (MQ=255) gATTCATTGCTGCGCGTCGCTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACAGAGt > 1:616336/1‑150 (MQ=255) gATTCATTGCTGCGCGTCGCTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACAGAGTa < 2:307626/151‑1 (MQ=255) aTTCATTGCTGCGCGTCGCTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACAGAGTAc > 1:1142949/1‑151 (MQ=255) tCATTGCTGCGCGTCGCTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACAGAGTAcc < 2:370673/150‑1 (MQ=255) aTTGCTGCGCGTCGCTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACAGAGTACCGCt < 2:654192/151‑1 (MQ=255) tgctgcGCGTCGCTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACAGAGTACCGCtgt > 1:487870/1‑151 (MQ=255) 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gcgTCGCTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACAGAGTACCGCTGTGATGTc < 2:963066/151‑1 (MQ=255) gtcgcTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACAGAGTACCGCTGTGATGTCAt < 2:1334611/151‑1 (MQ=255) | ATCAAATCACCATGATTAACCGGGTCCAGTTCGCTGGAACGCTGGGCAAGCATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCGCTACACGGATGCTGGTGGATTCATTGCTGCGCGTCGTTTTTTCCCGCTCCACGCGGCCGGTTGGCGCTTGTTCGGCTGCCAGTTTAAGCACTGGTGGGGTGGATATTTTTGGCGAGACTTCTACTGTTTCAAAGGTAATCTGATCGGCTTCAATCACAAAACAGAGTACCGCTGTGATGTCAT > NC_000913/1974414‑1974708 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |