| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,270,455 | 0 | G | T | 50.0% | 22.8 / 13.0 | 26 | intergenic (+853/+170) | yhaC/garK | pentapetide repeats‑related protein/glycerate kinase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/11); new base T (13/0); total (15/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCG‑T‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGT > NC_000913/3270313‑3270602 | cGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTCCCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCCCTCTGt < 1:61303/151‑1 (MQ=255) ggCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCtttt > 2:221228/1‑150 (MQ=255) tATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCg < 1:295280/150‑1 (MQ=255) tATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTGTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTc < 2:325474/149‑1 (MQ=255) aTGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCG‑t < 2:406743/150‑1 (MQ=255) gAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCG‑T‑ggg < 2:21986/151‑1 (MQ=255) aCCCCTCTTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTGTTGTACTCGGTG‑T‑ggg > 2:499510/1‑149 (MQ=255) tGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTTCACTGGTCG‑G‑GGGTTTtccccccc > 1:176603/1‑150 (MQ=255) ggCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCG‑T‑GGGTTTCCCCCCCa < 1:567854/150‑1 (MQ=255) ggCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCG‑T‑GGGTTTCCCCCCCa < 2:351020/150‑1 (MQ=255) gCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTTCCCTTGGCG‑TGGGGTTTccccccc > 2:560329/1‑149 (MQ=255) tGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCG‑TGGGGTTTccccccccgcggt > 1:524164/1‑145 (MQ=255) tGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTTCACTGGTCG‑T‑GGGGTTTCCCCCCCGGCGGTACCTGGCACCCCGCCCCATGGAGccc > 2:364519/1‑146 (MQ=255) tGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTGCACTTGTCG‑T‑GGGTTTCCCCCCCCCGCGTTACCTGGGACCCTGCCCTATGGAGccc > 1:516785/1‑146 (MQ=255) cgcgcgGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCG‑T‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTcctcccct < 2:480929/151‑1 (MQ=255) gcTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTGCACTGGTCG‑T‑GGGGTTCCCCCCCCGGCGTTTCCTGGCACCCTGCCCCATGGAGCCCGGGCTTTCCTCCCCCCCGccc > 2:390213/1‑147 (MQ=255) ctTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGCACTTGGCG‑T‑GGGTTTTCCCCCCCCGCGGTACCTGGCACCCTTCCCTCTGGAGCCCGGGCTTTTCCCCCCCCCCCCCGTCTccc > 1:70671/1‑151 (MQ=255) ccGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTGTTGTCCTGGGCC‑T‑TGGTTTTCCCCCCATGCCTTTCCCTGCCCCCCTCCCCCTTGCGCCCCGGCTTTCCTcccccccccccccccccccccc > 2:390436/1‑149 (MQ=255) cGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGGTTTTCCTCTTTTTCGCCGTGCG‑G‑GGGGGTCCCCCCCCACCGTTATCCGGCACCCTGCCCCATTGCGGCCGCACTTTCCTCCCCCCCCCCCCTCcccccc > 2:260587/1‑148 (MQ=255) gCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCG‑T‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAag < 1:517115/151‑1 (MQ=255) cACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCG‑T‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAaga < 1:206956/151‑1 (MQ=255) aCCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTCTTGTACTTGTCGAG‑GGGTTCCCCCCCCCAGCGGTACCCGGGACCCCGCCCTATTGGGGCCGGGCTTTTCTCCCCCCCCCCCCTCCtcccc > 1:302374/1‑146 (MQ=255) tACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTTTCTGTTGCACTGGGCG‑T‑GGGGTTCCCCCCCCCGCGGTTCCCTGCACCCTGCCCTATTGGGCCCGGACTTTCCTCCCCCCCCCCCGTCTCCCCCCAAGAGGGCGACGACGaa > 1:111239/1‑150 (MQ=255) ttGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTGCCCCGGTCG‑T‑GGGGTTCCCCCCCCGGCGGTACCTGGCACCCCGCCCCATGGGGCCCGGGCCTTTCCCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCAGAGGGCGACCACCAAacggcggccctc > 2:121953/1‑143 (MQ=255) cATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCG‑T‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCg < 2:583393/151‑1 (MQ=255) tttGCTCTCTGTTGCACTGGTCG‑T‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGt > 2:579854/1‑151 (MQ=255) | CGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCG‑T‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGT > NC_000913/3270313‑3270602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |