| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 523,741 | (G)6→7 | coding (481/4281 nt) | rhsD → | Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 523,735 | 1 | . | G | 97.1% | 381.5 / 1.5 | 105 | coding (475/4281 nt) | rhsD | Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base G (54/48); total (56/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGAGCATTCACTTTGAGCCGCTGCTGCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCT‑GT‑‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTGCCGCCGTAC > NC_000913/523585‑523878 | gaCGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGAGCATTCACTTTGAGCCGCTGCTGCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCt‑gt < 1:205209/151‑1 (MQ=255) ggACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGAGCATTCACTTTGAGCCGCTGCTGCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCT‑GT‑‑ggg < 4:449524/151‑1 (MQ=255) aCTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGAGCATTCACTTTGAGCCGCTGCTGCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCT‑GT‑‑ggggg < 1:774403/151‑1 (MQ=255) 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gACGGCCATACGCTGGCGCGGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGcc > 1:1013733/1‑150 (MQ=255) cGGCCATACGCTGGCGCGGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAgc > 1:994857/1‑151 (MQ=255) ccATACGCTGGCGCGGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGcgcc > 2:412189/1‑151 (MQ=255) ccATACGCTGGCGCGGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACAAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGCCTGAGCGGGGGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAAcgcc > 3:302883/1‑151 (MQ=255) cATACGCTGGCGCGGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGcgccg > 4:1379076/1‑151 (MQ=255) aCGCTGGCGCGGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCt < 4:1188127/150‑1 (MQ=255) aCGCTGGCGCGGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTg < 1:97209/151‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCGGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTgc < 4:1260185/151‑1 (MQ=255) gCTGGCGCGGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTgcc < 1:1450372/151‑1 (MQ=255) cTGGCGCGGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTgccg > 4:599752/1‑151 (MQ=255) tGGCGCGGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTgccgc > 4:192689/1‑151 (MQ=255) gcgcGGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTgccgcct < 4:539720/151‑2 (MQ=255) cgcgGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTGCCGCCGt < 2:139735/151‑1 (MQ=255) gcgGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTGCCGCCGt > 4:166085/1‑150 (MQ=255) gcgGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTGCCGCCGTa < 1:1715871/151‑1 (MQ=255) cgGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTGCCGCCGTAc > 4:1677212/1‑151 (MQ=255) cgGCT‑GTG‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTGCCGCCGTAc > 1:1036203/1‑151 (MQ=255) | GACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGAGCATTCACTTTGAGCCGCTGCTGCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCT‑GT‑‑GGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTGCCGCCGTAC > NC_000913/523585‑523878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |