| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,205,497 | T→C | pseudogene (1094/1134 nt) | aaaE → | pseudogene, phage terminase protein A family, e14 prophage;Phage or Prophage Related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,205,497 | 0 | T | C | 98.3% | 389.5 / NA | 116 | pseudogene (1094/1134 nt) | aaaE | pseudogene, phage terminase protein A family, e14 prophage;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (42/72); minor base A (2/0); total (44/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
ATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTAC‑GAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATCCCCCGGCGGGTTTTGTT > NC_000913/1205352‑1205644 | aTCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTAC‑GAGAAAGAAGACACGCCGTCTg < 3:529399/151‑1 (MQ=255) ggCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTAC‑GAGAAAGAAGACACGCCGTCTGATc < 1:1323677/151‑1 (MQ=255) aaCGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTAC‑GAGAAAGAAGACACGCCGTCTGATcaca < 2:93509/151‑1 (MQ=255) 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agCCATGCTGTAC‑GAGAAAGAAGACACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGc > 4:790162/1‑151 (MQ=255) ccATGCTGTAC‑GAGAAAGAAGACACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTg > 3:103722/1‑151 (MQ=255) ccATGCTGTAC‑GAGAAAGAAGACACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTg > 1:1216820/1‑151 (MQ=255) aTGCTGTAC‑GAGAAAGAAGACACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGAt < 3:322306/151‑1 (MQ=255) gCTGTAC‑GAGAAAGAAGACACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGAttt > 3:97239/1‑151 (MQ=255) tAC‑GAGAAAGAAGACACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATcc > 4:1772138/1‑151 (MQ=255) tAC‑GAGAAAGAAGACACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATcc > 4:1174809/1‑151 (MQ=255) aC‑GAGAAAGAAGACACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATcc < 4:1489075/150‑1 (MQ=255) gagaAAGAAGACACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATccccc < 2:500651/151‑1 (MQ=255) aaagaaGACACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATCCCCcggc > 4:1231619/1‑151 (MQ=255) aaagaaGACACGCCGTCTGAACACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTTCCTGGCTGATTTATCCCCcggc < 1:1373972/151‑1 (MQ=255) agaagaCACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATCCCCcggcgg < 4:794525/151‑1 (MQ=255) aagaCACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATCCCCCGGCGGGt > 3:176676/1‑151 (MQ=255) agaCACGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATCCCCCGGCGGGtt > 1:1159531/1‑151 (MQ=255) cacGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATCCCCCGGCGGGtttt > 1:1716686/1‑150 (MQ=255) acGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATCCCCCGGCGGGTTttgt > 1:1587108/1‑151 (MQ=255) cGCCGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATCCCCCGGCGGGTTttgtt > 1:957871/1‑151 (MQ=255) | ATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTAC‑GAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCG‑CTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTGGGCGTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGCGTATGGTGCCTGGCTGATTTATCCCCCGGCGGGTTTTGTT > NC_000913/1205352‑1205644 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |