| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,955,440 | T→C | Q523R (CAG→CGG) | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,955,440 | 0 | T | C | 99.4% | 616.6 / NA | 162 | Q523R (CAG→CGG) | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (90/71); total (90/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
AAATTTCAGCCACGCCATTTCATCTTTACCTTCGGTATAGATCTCTTTTCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAACGACGATCATCTCCGGTTTCTGCCATGCTTTAATCAGA > NC_000913/1955292‑1955586 | aaaTTTCAGCCACGCCATTTCATCTTTACCTTCGGTATAGATCTCTTTTCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCgg > 4:873256/1‑151 (MQ=255) aTTTCAGCCACGCCATTTCATCTTTACCTTCGGTATAGATCTCTTTTCAGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAACTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCGGtt > 4:1380355/1‑151 (MQ=255) ttCAGCCACGCCATTTCATCTTTACCTTCGGTATAGATCTCTTTTCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCGGTTg < 2:271108/150‑1 (MQ=255) 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ttACCTTCGGTATAGATCTCTTTTCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGt < 4:483294/149‑1 (MQ=255) ttACCTTCGGTATAGATCTCTTTGCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc < 1:1445864/147‑1 (MQ=255) tACCTTCGGTATAGATCTCTTTTCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCa < 4:273378/150‑1 (MQ=255) ccTTCGGTATAGATCTCTTTTCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGt < 4:1226206/151‑1 (MQ=255) cTTCGGTATAGATCTCTTTTCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc > 1:75975/1‑151 (MQ=255) 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tctTTTCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg > 1:1304163/1‑151 (MQ=255) tttCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg < 1:1886670/148‑1 (MQ=255) tttCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg > 1:1692918/1‑151 (MQ=255) ttCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg > 3:436025/1‑150 (MQ=255) ttCCGCCAGGTTTGAGCAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCCGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgt > 1:1594153/1‑151 (MQ=255) 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tatGCCGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAACGACGATCATCTCCGGTTTCTGCCATGCTTTAATc > 1:1786129/1‑149 (MQ=255) atGCCGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAACGACGATCATCTCCGGTTTCTGCCATGCTTTAATCAGa < 1:711927/151‑1 (MQ=255) | AAATTTCAGCCACGCCATTTCATCTTTACCTTCGGTATAGATCTCTTTTCCGCCAGGTTTGAGTAATTCCGCAAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAACGACGATCATCTCCGGTTTCTGCCATGCTTTAATCAGA > NC_000913/1955292‑1955586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |