| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 468,271 | (T)8→7 | intergenic (+41/‑112) | cof → / → ybaO | thiamine pyrimidine pyrophosphate hydrolase; HMP‑PP phosphatase/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 468,264 | 0 | T | . | 99.3% | 647.4 / ‑4.3 | 135 | intergenic (+34/‑119) | cof/ybaO | thiamine pyrimidine pyrophosphate hydrolase; HMP‑PP phosphatase/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (57/77); minor base G (1/0); total (58/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
CAACTGCGCGCGGAGCTCCCGCATTTACCGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTAAG > NC_000913/468114‑468406 | cAACTGCGCGCGGAGCTCCCGCATTTACCGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGt < 2:83768/151‑1 (MQ=255) aaCTGCGCGCGGAGCTCCCGCATTTACCGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGtt > 1:1036772/1‑151 (MQ=255) gcgcgcGGAGCTCCCGCATTTACCGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGtttt < 1:247471/149‑1 (MQ=255) 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ccAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATa < 2:1230920/150‑1 (MQ=255) aGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCCATGTTAGATaaa > 2:1149957/1‑150 (MQ=255) cACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCTCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAAtt < 2:1670586/151‑1 (MQ=255) cACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAAtt > 1:444339/1‑151 (MQ=255) aCCGGGCAATTGCCTGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTATCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCAACTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTg < 1:226142/151‑1 (MQ=255) aCCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTg > 1:143193/1‑151 (MQ=255) ccGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTg > 2:1453913/1‑150 (MQ=255) ccGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTg > 1:477184/1‑150 (MQ=255) ccGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGa < 1:1584413/151‑1 (MQ=255) gggCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGAcc > 4:157313/1‑151 (MQ=255) aaTTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTa > 3:219243/1‑150 (MQ=255) aTTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAACTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTAAg < 1:954644/151‑1 (MQ=255) | CAACTGCGCGCGGAGCTCCCGCATTTACCGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTAAG > NC_000913/468114‑468406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |