| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 28,094 | G→A | V268M (GTG→ATG) | rihC → | ribonucleoside hydrolase 3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 28,094 | 0 | G | A | 98.6% | 519.6 / ‑4.6 | 140 | V268M (GTG→ATG) | rihC | ribonucleoside hydrolase 3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (75/62); total (78/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
GCCACTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATC > NC_000913/27948‑28241 | cACTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGATGGTTg < 2:1581030/151‑1 (MQ=255) cTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGATGGTTGat > 2:163072/1‑151 (MQ=255) tACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGATGGTTGat > 2:533429/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |