| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,515,171 | T→C | V137A (GTG→GCG) | ydcV → | putative ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,515,171 | 0 | T | C | 99.3% | 524.9 / ‑4.5 | 145 | coding (410/795 nt) | ydcV | putative ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (74/70); minor base . (1/0); total (75/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
GCCGCGCTGTGGCGACGAGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGTGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAACAATGTCATCGCCCGTTTTCGCCGCACCTCCTGGAGTCTGGTTGAGGCGTCAATGGATCTTGGGGCCAATGGCTGGCAAACCTTCCGCTACGTAGTGTTGCCGAATC > NC_000913/1515023‑1515317 | ccGCGCTGTGGCGACGAGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCggt < 4:217229/151‑1 (MQ=255) ccGCGCTGTGGCGACGAGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGACACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCgg < 1:734662/150‑1 (MQ=255) cgcgCTGTGGCGACGAGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCggtc > 1:201443/1‑151 (MQ=255) gcgcTGTGGCGACGAGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCggtcg < 2:429659/151‑1 (MQ=255) gcgcTGTGGCGACGAGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCggtcg > 3:173083/1‑151 (MQ=255) cgcTGTGGCGACGAGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCggtcgg > 3:344673/1‑151 (MQ=255) gcTGTTGCGACGAGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCggtcgg > 1:370727/1‑150 (MQ=255) cTGTGGCGACGAGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCggtcggtc > 2:945498/1‑151 (MQ=255) tgGCGACGAGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATg > 2:544840/1‑151 (MQ=255) ggCGACGAGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGc < 1:90470/151‑1 (MQ=255) gcggacgaGCATTGTTCGGCAAAACCGCCATTTGGCTGTTCCTGCGGCTACCCATGCCGCTGCCGGGCATTGTCATGGTTCTGGCGTTATAAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATg < 2:284900/147‑1 (MQ=255) cgacgaGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGa < 2:1739299/151‑1 (MQ=255) gacgaGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCg < 1:1429912/149‑1 (MQ=255) cgaGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACtt > 1:155096/1‑151 (MQ=255) gaCTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACttttt > 2:476470/1‑151 (MQ=255) cTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTCCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTtgt > 3:208748/1‑151 (MQ=255) cGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGtt < 2:1501128/151‑1 (MQ=255) cGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGtt < 2:1277881/151‑1 (MQ=255) 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aaCGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGgtgt > 2:609994/1‑151 (MQ=255) ccccATTCCGCTGTTCCTGCTGCTGCCCATTGCGCTCCCGGGATTTGTCACTGGTCTGGCGTTATTACCCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGtt < 2:501425/148‑1 (MQ=255) cGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGttt < 3:119432/151‑1 (MQ=255) cGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGttt > 2:1127315/1‑151 (MQ=255) cGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGttt < 2:1578867/151‑1 (MQ=255) cATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAAc > 1:1631466/1‑151 (MQ=255) cATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAAc > 1:595952/1‑151 (MQ=255) aTTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAAct < 2:1460295/151‑2 (MQ=255) aTTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAAc > 1:597649/1‑150 (MQ=255) tCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAACAATg > 2:1076892/1‑151 (MQ=255) tCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAACAATg > 1:251749/1‑151 (MQ=255) cGCTGTTTCTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAACAATGt < 3:64331/151‑1 (MQ=255) cGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAACAATg < 2:456293/150‑1 (MQ=255) tGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAACAATGTCAt > 2:38006/1‑151 (MQ=255) gTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTACCCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAACAATGTCAt < 2:722248/150‑1 (MQ=255) 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ccATCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGGGTTTAACAATGTCATCGCCCGTTTTCGCCTCACCTCCTGGAGTCTGGTTGAGGCGTCAATGGATCTTGGTGCCAATGGCTGTCAAGCCTTCCGCTTCTTATTGTTGcc < 1:1056013/148‑1 (MQ=255) aTCGCGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAACAATGTCATCGCCCGTTTTCGCCGCACCTCCTGGAGTCTGGTTGAGGCGTCAATGGATCTTGGGGCCAATGGCGGGCAAACCTTCCGCTACGTAGTGTTGCCGAAtc < 2:610840/151‑1 (MQ=255) | GCCGCGCTGTGGCGACGAGACTTTTTCGGCAAAAACGCCATTTCGCTGTTACTGCTGCTGCCCATTGCGCTGCCGGGCATTGTCACTGGTCTGGCGTTATTAACCGCCTTTAAAACCATCAATCTGGAGCCGGGATTTTTCACCATCGTGGTCGGTCATGCGACTTTTTGTGTAGTTGTGGTGTTTAACAATGTCATCGCCCGTTTTCGCCGCACCTCCTGGAGTCTGGTTGAGGCGTCAATGGATCTTGGGGCCAATGGCTGGCAAACCTTCCGCTACGTAGTGTTGCCGAATC > NC_000913/1515023‑1515317 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |