| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 2,767,140 | T→C | L53L (TTG→CTG) | rnlB → | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,767,140 | 0 | T | C | 98.6% | 537.3 / ‑1.8 | 141 | L53L (TTG→CTG) | rnlB | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (79/60); total (80/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
ATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCTTGTGCGCTAACGGTCCAGAGTGGAACCGCTTCGTTACGCTGGAAATGAAATATGGCCGGATCATGCTGGATACGGCCAAAATTATTGATGAGCAGGACGTTCCGACACATATCCTGAGCAAACTGACTTTTACTTTACGTAATCAT > NC_000913/2766993‑2767286 | aTCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCtgt < 2:3431/151‑1 (MQ=255)aTCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCtgt > 2:495339/1‑151 (MQ=255) cGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCCTGTGCGCt > 2:223878/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |