| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,086,618 | A→G | intergenic (+216/‑88) | yqgC → / → metK | uncharacterized protein/S‑adenosylmethionine synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,086,618 | 0 | A | G | 99.4% | 621.0 / NA | 165 | intergenic (+216/‑88) | yqgC/metK | uncharacterized protein/S‑adenosylmethionine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (77/87); total (77/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
TGTCAGGAAAAATTTCCAGCCACGTTTTTAACAGAATGAGACACGATTC‑AAAAAAAAGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGA > NC_000913/3086473‑3086767 | tGTCAGGAAAAATTTCCAGCCCCGTTTTTAACAGAATGAGACACGATTC‑AAAAACAAGCGGAAATAGGGCGTAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCAAGCGTTGTTGACCTg > 1:1655454/1‑151 (MQ=255)tGTCAGGAAAAATTTCCAGCCACGTTTTTAACAGAATGAGACACGATTC‑AAAAAAAAGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTGACCt < 2:1670147/150‑1 (MQ=255)tGTCAGGAAAAATTTCCAGCCACGTTTTTAACAGAATGAGACACGATTC‑AAAAAAAAGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTGACCt < 2:533986/150‑1 (MQ=255) 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aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTctct > 1:314272/1‑151 (MQ=255) aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTctct > 2:1515313/1‑151 (MQ=255) acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGaa < 1:1318736/150‑1 (MQ=255) acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGa > 3:57390/1‑149 (MQ=255) acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAg < 2:1022927/151‑1 (MQ=255) cAGACTGCCAGTGTTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCAt < 2:1655618/151‑1 (MQ=255) aGACTGCCAGTGTTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATc > 2:745/1‑151 (MQ=255) aCTGCCAGTGTTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCt > 2:13165/1‑151 (MQ=255) cTGCCAGTGTTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTg > 4:142330/1‑151 (MQ=255) tGCCAGTGTTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTg > 1:584995/1‑150 (MQ=255) cAGTGTTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACaa < 4:153497/151‑1 (MQ=255) gtgtTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACaaaa < 3:434282/151‑1 (MQ=255) gtgtTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACaaa > 2:1643799/1‑150 (MQ=255) gtTTTTGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAAt < 1:1338213/150‑1 (MQ=255) tttttGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTg > 1:1012879/1‑151 (MQ=255) ttttGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTg < 2:983032/150‑1 (MQ=255) ttttGACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTg < 2:594955/150‑1 (MQ=255) | TGTCAGGAAAAATTTCCAGCCACGTTTTTAACAGAATGAGACACGATTC‑AAAAAAAAGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGA > NC_000913/3086473‑3086767 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |