| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,604,237 | 0 | C | T | 52.9% | 9.9 / 35.0 | 34 | S64L (TCG→TTG) | lsrD | autoinducer 2 import system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/11); new base T (18/0); total (23/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.34e-03 | |||||||||||
TATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCA > NC_000913/1604094‑1604380 | tATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGttt > 2:347231/1‑148 (MQ=255) aTTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGtt < 2:233672/151‑1 (MQ=255) ttGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGttttg > 1:588723/1‑146 (MQ=255) cGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTT‑GGTTTGAcc > 1:450648/1‑145 (MQ=255) aTTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGGTATTTTGTTT‑TGTTCGACCCTCGGcc > 1:550731/1‑149 (MQ=255) gTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTgc‑g > 2:267794/1‑150 (MQ=255) aaTTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGAGATTTTGTTT‑GTTTCTGCCAACgggc > 1:535818/1‑138 (MQ=255) aaTTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCcatt < 1:83912/151‑1 (MQ=255) aaCCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCcattgca < 2:182666/150‑1 (MQ=255) gAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCATTGCATTggggg > 1:524825/1‑148 (MQ=255) gAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCATTGCATTGGGCGt < 1:598787/151‑1 (MQ=255) aTGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCATTGCATTGGGCGTAc < 2:524828/151‑1 (MQ=255) gTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTT‑TGTTTGACCATCGGCCTCTGC‑GCCCTTGCATTGGGCGGACt > 1:643454/1‑150 (MQ=255) ttAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTCTTTT‑TGGTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCATTTCATTTGGGGGACt > 2:648207/1‑149 (MQ=255) tAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGACGGTATTTTGTTT‑TGGTCGTCCATCGGCCTCCGC‑GGCCTTTCATTTGGGGTACtttt > 2:291054/1‑151 (MQ=255) tctcAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTT‑TGTTTGACCCTCGGGCTCTGC‑GCCCTTTCATTtgggggaatggtt > 2:52233/1‑138 (MQ=255) tcAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCCACGGCCCCTGC‑GCCCCTTCCTTGGGCGTACTGTTTcca > 2:433105/1‑147 (MQ=255) tcAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGGGATTGTCAGTGGCGGGGTCGGTTTTTTTTTT‑GGGTTGGCCAACTGGCCCTTC‑GCCGTTGCAGTGGGCGGACTGt > 2:314220/1‑144 (MQ=255) atGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGGTATTTTCTTT‑TGTTTGACCATCGGCCTCTGC‑GCCCCTGCATTGGGCGGGCTGTTTCCAAgtgg > 2:468268/1‑149 (MQ=255) gTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGgtgt < 1:282977/150‑1 (MQ=255) ttGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTTGGGTTCG‑CCATCCGCCTCTGCGGCCATT‑CATTGGGCGTACTGTTTTAAAatgg > 1:176909/1‑146 (MQ=255) cTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGAACGATATTTTGTTT‑TGTTTGACCATCGGCCTCTGC‑GCCATTGCATTTGGCGGACTGTTTCAAAATGGGGTGcc > 2:127460/1‑149 (MQ=255) tCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTT‑GGGTCGGCCATCGGCCCCTGC‑GCCCTTGCCTTGGGGGGACTGTTTTAAAGTGGTGTGCCGATGcc > 2:282896/1‑151 (MQ=255) aCTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑TGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCCTTGCCTTTGGCGGACTGTTTTTAAGTGGTGTGGCGATGCCGCTGGCGGTAc > 1:172127/1‑150 (MQ=255) tttATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCCTTGCATTGGGGGTACTGTTTTAAAATGGGGTGCCGATGCCGCTGGCGGTACTcc > 1:319333/1‑151 (MQ=255) tGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTT‑GGTTCCACCATCCGCCTCTGC‑GCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTTAAAGAGGGGTGGCGGCGCCGCTGGGGATACTCCCGAcc > 2:314355/1‑150 (MQ=255) gcattggcattgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCtt < 2:482395/151‑1 (MQ=255) attggcattgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTTGATATTTCGTTT‑TGGTCGACCATCCGCCTCTGC‑GCCACTGCATTGGGGGTGCTGTTTTTAAGGGGTGTGCCGATGCCGCTTGCGGTACTCCTGACCtt > 1:654481/1‑149 (MQ=255) tCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGACATTTCGCTT‑GGGTTTTCCACCGGTCCCTGG‑ACCAATGCCGTGGGCGGACTGTTTTTAAGGGGGGTGCCGGTGCCGCGGGCGTTACCCCTGATCTTAATTCTCgggg > 1:559496/1‑148 (MQ=255) gCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCAt < 1:267794/151‑1 (MQ=255) tACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGAAATTTTGTTT‑TGTTTGGCCCTCGGCCTCTGC‑GCCAATGCATTGGGCGTACTGTTTTTAAGAGGGGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCCGCCCTTACTGCTCCGCGCATtttg > 2:275740/1‑151 (MQ=255) tGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGGCCTTACTGCTCGGCTCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCgg < 2:52733/150‑1 (MQ=255) gTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGCCCATCGGCCTCTGC‑GCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGa < 1:429620/150‑1 (MQ=255) gATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCa < 2:503368/151‑1 (MQ=255) | TATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGC‑GCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCA > NC_000913/1604094‑1604380 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |