| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,533,049 | C→T | A214V (GCG→GTG) | cysK → | cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,533,049 | 0 | C | T | 91.4% | 115.4 / ‑3.1 | 35 | A214V (GCG→GTG) | cysK | cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (7/25); minor base G (3/0); total (10/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.83e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTCAGGTTGATGTATTTATTGCTGGCGTTGGGACTGGCGGTACGCTGACTGGCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGCGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTATTGGCGCTGGTTTTATCCCGGCTAACCTCGATCTCAAGCTGGTCGATAAAGTCATTGGCATCACCAATGAAGAAGCGATTTCTACCGCGCGTCGTCT > NC_000913/2532907‑2533193 | ggTCAGGTTGATGTATTTATTGCTGGCGTTGGGACTGGCGGTACGCTGACTGGCGTCAGCGGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCa < 2:621284/150‑1 (MQ=255)ggTCAGGTTGATGTATTTATTGCTGGCGTTGGGACTGGCGGTACGCTGACTGGCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAg < 2:279924/151‑1 (MQ=255) cAGGTTGATGTATTTATTGCTGGCGTTGGGACTGGCGGTACGCTGACTGGCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGt < 1:350555/150‑1 (MQ=255) ggTTGATGTATTTATTGCTGGCGTTGGGACTGGCGGTAAGCTGACTTGCGGCAGACGCCAAATTTAAAGGACACAAAGCAAGACCCAAATTATTTCCGTCTCCGCTTGGGCCAACC‑ATTTTCCCCGTATTGGCCACGGGCTGGCAgggg > 2:92931/1‑147 (MQ=255) gTATTTATTGCTGGCGTTGGGACTGGCGGTACGCCGGCTGGCGGCAGCCGCTACATTAAAAGCACCAAAAGCAAAAACGATCTTTTTTCTTTCGCCG‑TTTAGCCAACCCATTCTCCAGTTATTTCCCCGGGGCTGGCAGGGGAAGAGAtt > 2:143515/1‑150 (MQ=255) tattGCTGGCGTTGGGACTGGCGGTACGCTGACTGGCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAAcc < 2:53/150‑1 (MQ=255) attGCTGGCGTTGGGACTGGCGGTACGCTGACTGGCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCt < 2:573977/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGTTGGGACTGGCGGTACGCTGACTGGCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGcc < 2:23002/151‑1 (MQ=255) cTGGCGTTGGGACTGGCGGTACGCTGACTCGGGGCTGCCGCTTCATTTAAAGGACCAAAAGGAAGAAAGGGCTTATTTTTTTCGCCG‑GTGGGCGCAACGATTCTTCAGGTATTGCCCACGGGCTGGGAGGGGGAAAGAGTTAAACTGGccc > 1:383222/1‑151 (MQ=255) gggACTGGCGGTACGCTGACTGGCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATaaaa < 2:404283/151‑1 (MQ=255) gggACTGGCGGTACGCTGACTGGCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATaaa < 1:534104/150‑1 (MQ=255) ggCGGTACGCTGACTGGCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCa < 1:638138/149‑1 (MQ=255) ggCGGTACGCTGACTGGCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAgg > 1:521968/1‑151 (MQ=255) aCGCTGACTGGCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTAtt < 2:544501/150‑1 (MQ=255) ggCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTATTGGCGCTGGt < 1:240115/150‑1 (MQ=255) tAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTATTGGCGCTGGTTTTATCCCGGCTAACCt < 2:60828/150‑1 (MQ=255) aaaGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCACAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTATTGGCGCTGGTTTTATCCCGGCTAACCTCg < 1:526797/151‑1 (MQ=255) aCCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTATTGGCGCTGGTTTTATCCCGGCTAACCTCGAtctc > 1:228586/1‑150 (MQ=255) 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ttGAGCGTAACGATTCTCCAGTTATCGCCCATGTGGTTGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGACCGCATAAAATTCAGGGTAGTGGCGCTGCTTTTATCCCGGCTAACCTCGATCTCAAGCTGGTCGATAAAGTCATTGGCATCTCCaa < 1:649775/148‑1 (MQ=255) tGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTATTGGCGCTGGTTTTATCCCGGCTAACCTCGATCTCAAGCTGGTCGATAAAGTCATTGGCATCACCAATga > 1:21269/1‑150 (MQ=255) cAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTATTGGCGCTGGTTTTATCCCGGCTAACCTCGATCTCAAGCTGGTCGATAAAGTCATTGGCATCACCAATGAAGAAGc < 2:271315/151‑1 (MQ=255) ccGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTATTGGCGCTGGTTTTATCCCGGCTAACCTCGATCTCAAGCTGGTCGATAAAGTCATTGGCATCACCAATGAAGAAGCGAt < 2:29213/151‑1 (MQ=255) cGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTATTGGCGCTGGTTTTATCCCGGCTAACCTCGATCTCAAGCTGGTCGATAAAGTCATTGGCATCACCAATGAAGAAGCGAtt > 2:268590/1‑151 (MQ=255) aGTTATCGCCCAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTATTGGCGCTGGTTTTATCCCGGCTAACCTCGATCTCAAGCTGGTCGATAAAGTCATTGGCATCACCAATGAAGAAGCGATTTCTACcgcg < 2:58900/151‑1 (MQ=255) cccAGGTGCTGGCAGGTGAAGAGATTAATCCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTGTTGGCGCTGGTTTTATCCCGGCTAACCTCGATCTCAAGCTGGTCGATAAAGTCATTGGCATCACCAATGAAGAAGCTATTTCTACCGCGCGTCGTCt < 1:143031/151‑1 (MQ=255) | GGTCAGGTTGATGTATTTATTGCTGGCGTTGGGACTGGCGGTACGCTGACTGGCGTCAGCCGCTACATTAAAGGCACCAAAGGCAAGACCGATCTTATCTCTGTCGCCG‑TTGAGCCAACCGATTCTCCAGTTATCGCCCAGGCGCTGGCAGGTGAAGAGATTAAACCTGGCCCGCATAAAATTCAGGGTATTGGCGCTGGTTTTATCCCGGCTAACCTCGATCTCAAGCTGGTCGATAAAGTCATTGGCATCACCAATGAAGAAGCGATTTCTACCGCGCGTCGTCT > NC_000913/2532907‑2533193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |