| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,016,401 | C→T | G178G (GGC→GGT) | fliH → | negative regulator of FliI ATPase activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,016,401 | 0 | C | T | 97.1% | 125.0 / ‑4.0 | 35 | G178G (GGC→GGT) | fliH | negative regulator of FliI ATPase activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (16/18); total (16/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
AGGTCATCGGTCAGACGCCAACGGTGGATAACTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAGTG > NC_000913/2016256‑2016548 | aGGTCATCGGTCAGACGCCAACGGTGGATAACTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTAc < 2:562325/151‑1 (MQ=255) aCGCCAACGGTGGATAACTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCAtg < 1:459972/151‑1 (MQ=255) aaCGGTGGATAACTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCAtggctgg < 2:219553/151‑1 (MQ=255) ggTGGATAACTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGgcgc > 2:534509/1‑151 (MQ=255) ggTGGATAACTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGgcgc < 2:502950/151‑1 (MQ=255) aaCTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCggg < 1:166769/151‑1 (MQ=255) tCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCg > 1:442423/1‑151 (MQ=255) cGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCg > 1:251211/1‑150 (MQ=255) cGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCg < 1:573513/150‑1 (MQ=255) cACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATcc > 1:125412/1‑151 (MQ=255) cACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATcc > 1:641964/1‑151 (MQ=255) aCTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATccc > 1:264288/1‑151 (MQ=255) tGATCAAACAGACCCAACAGTTGTTTCATCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACTAGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCa < 1:632775/150‑1 (MQ=255) aTCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCAccc < 1:277357/151‑1 (MQ=255) aTCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCAccc > 2:380944/1‑151 (MQ=255) ccAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTgg < 1:263146/150‑1 (MQ=255) aaCAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGCTCCCACCCTCCATCCTggcgg < 1:163334/151‑1 (MQ=255) cAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCt > 1:630317/1‑151 (MQ=255) 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aggTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtctc > 1:275022/2‑151 (MQ=255) aaCCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGc > 1:455774/1‑151 (MQ=255) acaGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgt > 2:402875/1‑151 (MQ=255) aCCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtctc > 2:147607/1‑128 (MQ=255) aCCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtctc < 1:147604/128‑1 (MQ=255) tCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAActc > 1:181534/1‑151 (MQ=255) gCAACGTGTGGATGATATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAAc < 2:147698/146‑1 (MQ=255) gatgatATGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGgcag < 1:190317/151‑1 (MQ=255) atGCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCa < 2:177579/150‑1 (MQ=255) gCTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGa < 1:661784/151‑1 (MQ=255) cTCGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAgg > 1:450069/1‑149 (MQ=255) cGGTGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAgtg < 1:560798/151‑1 (MQ=255) | AGGTCATCGGTCAGACGCCAACGGTGGATAACTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAGTG > NC_000913/2016256‑2016548 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |