| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 311,012 | T→C | S109G (AGC→GGC) | ecpR ← | putative transcriptional regulator for the ecp operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 311,012 | 0 | T | C | 99.0% | 396.9 / NA | 100 | S109G (AGC→GGC) | ecpR | putative transcriptional regulator for the ecp operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (51/48); minor base A (1/0); total (52/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGGCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGCCCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAATCCGTACTGAGATTGATAAACACGAAAT > NC_000913/310864‑311158 | tGGGCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGCCCCTAATATTGCCAt > 2:1269462/1‑151 (MQ=255) gggCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGCCCCTAATATTGCCAtt < 4:1483933/151‑1 (MQ=255) gggCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGCCCCTAATATTGCCAt < 2:1559005/150‑1 (MQ=255) 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ataCCACGCCCCTAATATTGCCATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAATCCGTACTg > 4:1399154/1‑149 (MQ=255) cACGCCCCTAATATTGCCATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAATCCGTACTGAGATTg < 2:520391/151‑1 (MQ=255) gCCCCTAATATTGCCATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAATCCGTACTGAGATTGATa < 2:1425434/151‑1 (MQ=255) cccTAATATTGCCATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAATCCGTACTGAGATTGATaaa < 4:508246/151‑1 (MQ=255) ccTAATATTGCCATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGCCTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAATCCGTACTGAGATTGATa < 4:1271058/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |