| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,789,720 | T→C | N121S (AAC→AGC) | waaH ← | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,789,720 | 0 | T | C | 98.8% | 306.8 / ‑4.2 | 84 | N121S (AAC→AGC) | waaH | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (45/38); total (45/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
AACCCCCATCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGTTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGCGACATATTTGCCCGTTGCCACTTCAATCCCACGATTACGCGCCACCGATGCGC > NC_000913/3789572‑3789867 | aaCCCCCATCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTg < 4:1189757/151‑1 (MQ=255) aCCCCCATCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGc > 2:139833/1‑151 (MQ=255) cccccATCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCa < 2:504740/151‑1 (MQ=255) cccccATCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCa < 4:1444136/151‑1 (MQ=255) cATCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTgc < 2:1598716/151‑1 (MQ=255) aTCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTgcg > 2:1546279/1‑151 (MQ=255) cccgACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGAAGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTACCAGGTTTCTCCCGTTTAACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTgc > 1:8287/4‑148 (MQ=255) ccAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTgcgc < 4:1610676/150‑1 (MQ=255) cAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGcc > 3:125070/1‑150 (MQ=255) aGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCAc < 4:701661/151‑1 (MQ=255) cAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTc < 4:475442/151‑1 (MQ=255) aGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGgtcg < 1:167545/151‑1 (MQ=255) ggCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTaa < 4:1461408/151‑1 (MQ=255) ggCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTa > 4:1673228/1‑150 (MQ=255) gcgcGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTa < 4:564216/149‑1 (MQ=255) gcgcGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAAc < 4:1597155/151‑1 (MQ=255) cgcgAAGAAAGCCCCAACCGCAGCCAGTCCTGGCCGGTTAATACGACGGTTGAGCGAAGTCTATCGTTGTGTATAGATTGCCAAGATTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTTTTCGTTGCACTGCGCCACGTTGAGGTCGTCCTCTAAc < 1:351107/150‑1 (MQ=255) gcgAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGc > 2:1343537/1‑151 (MQ=255) 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gCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGtcat < 2:24861/151‑1 (MQ=255) cccATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGtcatca < 4:1068032/151‑1 (MQ=255) cATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGc < 2:782706/151‑1 (MQ=255) tCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCg < 2:482708/150‑1 (MQ=255) cGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGttt > 4:1177918/1‑151 (MQ=255) 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ccGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACAtggt > 2:1555791/1‑151 (MQ=255) ccGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACAtggt < 4:647720/151‑1 (MQ=255) tggCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACAtggtgg > 2:274591/2‑151 (MQ=255) cGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGAt > 2:128536/1‑150 (MQ=255) cGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATa < 1:81656/151‑1 (MQ=255) 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gTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGtt < 2:710619/120‑1 (MQ=255) gTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGtt > 4:711572/1‑120 (MQ=255) ttGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGc > 2:1511901/1‑151 (MQ=255) tGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGc < 4:373379/150‑1 (MQ=255) aGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATc < 4:1442995/151‑1 (MQ=255) cGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGACAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGa < 1:22306/151‑1 (MQ=255) cGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACaaa > 4:631504/1‑149 (MQ=255) gATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGc > 1:353489/1‑151 (MQ=255) gATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGc > 1:324096/1‑151 (MQ=255) aTCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGCg < 1:102339/151‑1 (MQ=255) tCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGCg > 2:426993/1‑150 (MQ=255) 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aGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGCGACATATTTGCCCGTTGCCACTTCAATCCCACGATTACGCGCCACCg > 4:620673/1‑150 (MQ=255) aGTCAGCGCTGCACTGCGCCACGGCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGCGACATATTTGCCCGTTGCCACTTCAATCCCCCGATTACGCGCCAca < 2:1374223/149‑2 (MQ=255) tCAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGCGACATATTTGCCCGTTGCCACTTCAATCCCACGATTACGCGCCACCGATg > 4:166798/1‑151 (MQ=255) cAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGCGACATATTTGCCCGTTGCCACTTCAATCCCACGATTACGCGCCACCGATg < 2:1656811/150‑1 (MQ=255) cAGCGCTGCACTGCGCCACGTCGAGGACGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGCGACATATTTGCCCGTTGCCACTTCAATCCCACGATTACGCGCCACCGATgc > 3:122201/1‑151 (MQ=255) gcgcTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGCGACATATTTGCCCGTTGCCACTTCAATCCCACGATTACGCGCCACCGATgcgc > 2:1060235/1‑151 (MQ=255) gcgcTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGCGACATATTTGCCCGTTGCCACTTCAATCCCACGATTACGCGCCACCGATgcgc < 4:1548191/151‑1 (MQ=255) | AACCCCCATCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGTTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGCGACATATTTGCCCGTTGCCACTTCAATCCCACGATTACGCGCCACCGATGCGC > NC_000913/3789572‑3789867 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |