| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,987,439 | G→A | A148A (GCC→GCT) | hemY ← | putative protoheme IX synthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,987,439 | 0 | G | A | 99.1% | 423.9 / NA | 108 | A148A (GCC→GCT) | hemY | putative protoheme IX synthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (49/58); total (49/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TACGCCTGTTCCGCCAGACGTAATACTTCCGGATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCGGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCAGCTTTTCAACTTGCTGATAA > NC_000913/3987293‑3987586 | taCGCCTGTTCCGCCAGACGTAATACTTCCGGATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGcc > 2:233062/1‑150 (MQ=255) aCGCCTGTTCCGCCAGACGTAATACTTCCGGATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTgccagcca < 2:1488623/150‑1 (MQ=255) aCGCCTGTTCCGCCAGACGTAATACTTCCGGATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTgccagcca < 2:1239262/150‑1 (MQ=255) tGTTCCGCCAGACGTAATACTTCCGGATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCg > 2:363464/1‑151 (MQ=255) gTTCCGCCAGACGTAATACTTCCGGATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCg < 1:230695/150‑1 (MQ=255) tCCGCCAGACGTAATACTTCCGGATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCt < 4:294283/150‑1 (MQ=255) ccGCCAGACGTAATACTTCCGGATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTg < 2:1558308/150‑1 (MQ=255) cAGACGTAATCCTTCCGGATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTgcgc < 1:329580/149‑1 (MQ=255) 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tCCGGATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATgttggt > 3:49198/1‑151 (MQ=255) ccGGATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATgttggtt > 2:1301451/1‑151 (MQ=255) gATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGgc > 1:32488/1‑151 (MQ=255) aTGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGgcg > 1:427043/1‑151 (MQ=255) aTGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGgcg > 2:608897/1‑151 (MQ=255) 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ccAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACg > 4:933798/1‑151 (MQ=255) agcagcTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACgtt < 3:212429/151‑1 (MQ=255) cagcTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACgttgt > 3:369471/1‑151 (MQ=255) agcTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACgttgtt < 3:427061/151‑1 (MQ=255) cTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTgc > 2:1554884/1‑151 (MQ=255) 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caTGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGAt > 3:239878/1‑150 (MQ=255) caTGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATa < 1:369454/151‑1 (MQ=255) aTGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAg < 2:926489/151‑1 (MQ=255) ggTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGtt < 2:573105/151‑1 (MQ=255) ggTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGtt < 4:1619463/151‑1 (MQ=255) 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aCCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCTCGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCa < 1:85186/148‑1 (MQ=255) aCCGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCAGCt < 2:1068201/151‑1 (MQ=255) ccGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCAGCtt < 4:242354/151‑1 (MQ=255) ccGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCAGCtt < 4:364006/151‑1 (MQ=255) cGGAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCAGCttt < 4:833771/151‑1 (MQ=255) agAATGGTGTCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCAGCtttt > 2:389706/2‑151 (MQ=255) gtgtCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCAGCTTTTCAACtt < 1:392475/151‑1 (MQ=255) gtgtCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCAGCTTTTCAACtt < 4:1214475/151‑1 (MQ=255) tgtCGTTGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCAGCTTTTCAACTTg > 3:78758/1‑151 (MQ=255) tGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCa > 4:636765/1‑132 (MQ=255) tGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCa < 2:635906/132‑1 (MQ=255) tGCCAGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCAGCTTTTCAACTTGCTGAt < 4:1238587/150‑1 (MQ=255) | TACGCCTGTTCCGCCAGACGTAATACTTCCGGATGGCGTGGCGTAACTTCCAGCAGCTTATCCACGCCGTGGCGTGCAGCATGGTTTTCATTACGGGCCAGTTGCAGACGTACGCGGGTGATTTCTACCGGAATGGTGTCGTTGCCGGCCAGCTCCGCTGCGCGTTCCAGATGTTGGTTGGCGCGTGCTTCATCACCACGTTGTTGCGCGGCTTCGGCAGCCAGTAGATAGTTCACCACCGGTTGTTCCGCGTGATCGGCATTTTTCGCCATCAGCTTTTCAACTTGCTGATAA > NC_000913/3987293‑3987586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |