| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,181,472 | C→T | G76G (GGC→GGT) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,181,472 | 0 | C | T | 99.2% | 462.6 / ‑4.6 | 120 | G76G (GGC→GGT) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (61/58); total (61/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACAAGAAGTCTAC > NC_000913/4181325‑4181613 | ccTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGa > 1:201957/1‑150 (MQ=255) ttCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAAc < 3:314929/149‑1 (MQ=255) ttCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCg > 2:505128/1‑151 (MQ=255) 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aTTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATc > 4:1311303/1‑151 (MQ=255) aTTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATc < 2:970701/151‑1 (MQ=255) ttATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCg > 2:1615909/1‑151 (MQ=255) ttATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCg > 2:1546432/1‑151 (MQ=255) gAGCAAGATACTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCg > 2:1112219/1‑151 (MQ=255) 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aaTTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTa < 3:304325/150‑1 (MQ=255) ttCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTaaa > 4:374344/1‑150 (MQ=255) ccGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTaaa > 2:187095/1‑148 (MQ=255) cGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGAc > 4:1291873/1‑151 (MQ=255) gAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACa < 2:1554193/151‑1 (MQ=255) aGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACAt > 2:905884/1‑151 (MQ=255) aGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACAt < 2:1443164/151‑1 (MQ=255) gCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACAtt > 4:461950/1‑151 (MQ=255) gCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTaaa < 3:378689/151‑1 (MQ=255) aaTACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTaa > 3:196898/1‑148 (MQ=255) aaTACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGa < 2:802363/151‑1 (MQ=255) aTACGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGa > 4:1678943/1‑150 (MQ=255) cGTCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACa > 4:168695/1‑150 (MQ=255) tCAGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACa > 2:573385/1‑148 (MQ=255) taGCTACCGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACaaga > 2:864447/2‑150 (MQ=255) 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ccGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACAAGAAGTCTAc < 4:985785/151‑1 (MQ=255) cGCCTTGGTGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACAAGAAGTCTAc > 2:270919/1‑150 (MQ=255) | CCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGACGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACAAGAAGTCTAC > NC_000913/4181325‑4181613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |