| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,061,552 | G→A | R766Q (CGA→CAA) | torA → | trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,061,552 | 0 | G | A | 99.2% | 461.2 / ‑5.3 | 118 | R766Q (CGA→CAA) | torA | trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (57/60); total (58/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
AGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAA > NC_000913/1061406‑1061697 | aGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACAAAtt < 2:41359/151‑1 (MQ=255) tgggTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACAAATTc > 2:1592494/2‑150 (MQ=255) tgTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACAAATTCACg > 1:51389/2‑151 (MQ=255) 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tCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGAcc < 2:115393/150‑1 (MQ=255) cTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTAGATCGCAGCTGGCGCAGGCGAcc > 2:782863/1‑149 (MQ=255) gACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCa < 4:1594458/148‑1 (MQ=255) gACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTg > 4:1406262/1‑151 (MQ=255) gCTATGCACCCGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTgcgc > 4:670534/1‑150 (MQ=255) gCTATGCACCCGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGca < 1:292833/151‑1 (MQ=255) tATGCACCCGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGcac > 1:200299/1‑150 (MQ=255) tATGCACCCGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGcac > 4:528129/1‑150 (MQ=255) aTGCACCCGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCacac > 2:1108954/1‑151 (MQ=255) cACCCGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTAc < 4:898633/151‑1 (MQ=255) aCCCGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACg < 2:559090/151‑1 (MQ=255) cccGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGc < 4:491715/151‑1 (MQ=255) cGGCGTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCtg < 2:889971/151‑1 (MQ=255) gTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCtggtgg < 4:616452/151‑1 (MQ=255) gTGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCtggtgg > 4:609987/1‑151 (MQ=255) tGGCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCtggtgg > 2:40404/1‑150 (MQ=255) ggCACAAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGaa < 4:1205093/151‑1 (MQ=255) | AGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAA > NC_000913/1061406‑1061697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |