| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 230,758 | C→T | E42K (GAG→AAG) | yafC ← | LysR family putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 230,758 | 0 | C | T | 99.2% | 452.6 / ‑5.0 | 117 | E42K (GAG→AAG) | yafC | LysR family putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (62/54); total (63/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GTATTACGCGTCTCCATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTCCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCAAAATAG > NC_000913/230613‑230903 | gtATTACGCGTCTCCATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTTCAGCt < 4:1362616/151‑1 (MQ=255) aCGCGTCTCCATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTTCAGCttttt < 4:108860/150‑1 (MQ=255) aCGCGTCTCCATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTTCAGCTTTTTc < 2:1059470/151‑1 (MQ=255) cgcgTCTCCATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTTCAGCTTTTTCa < 4:1422267/151‑1 (MQ=255) cgTCTCCATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTTCAGCTTTTTCAcc < 4:859530/151‑1 (MQ=255) cgTCTCCATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTTCAGCTTTTTCAcc < 4:359084/151‑1 (MQ=255) tctcCATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGc > 3:130619/1‑151 (MQ=255) ctcCATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGcc > 4:48133/1‑151 (MQ=255) tcCATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGccc > 3:400235/1‑151 (MQ=255) tcCATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTCCAGCTTTTTCACCGccc > 4:126739/1‑151 (MQ=255) tcATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGCCCg > 2:1575286/2‑151 (MQ=255) ccATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGCCCg < 4:1441755/151‑1 (MQ=255) aaTTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGCCCGGCt < 2:537418/150‑1 (MQ=255) 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gCCAAGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGtt < 4:877414/151‑1 (MQ=255) gCCAAGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGtt < 3:307646/151‑1 (MQ=255) aaGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGc > 1:460899/1‑150 (MQ=255) aGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCaa < 3:135990/151‑1 (MQ=255) aGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCa > 3:272562/1‑150 (MQ=255) aGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCa > 4:1135427/1‑150 (MQ=255) aGTTTCATCTTCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCa > 4:1359670/1‑150 (MQ=255) tttCATCTTCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCaaa > 4:493548/1‑150 (MQ=255) tCATCTTCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCAAAAt < 1:427835/150‑1 (MQ=255) cATCTTCAGCTTTTTCTCCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGTCTGAAACAAAAATGGCGAATTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCAAAATag < 2:232110/151‑1 (MQ=255) aTCTTCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCAAAAt > 1:230963/1‑148 (MQ=255) tcttCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCAAAATag > 2:1643427/1‑149 (MQ=255) | GTATTACGCGTCTCCATAATTTCTGATTCTGCCGCTGCCATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTCCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTGAGTTTGCTTGCCCTAATTGTTCCGCTGCCCGGCTAAAGCTGCCGCTTTCGACGACCGAAACAAAAATGGCGAGTTCTTCCGACGTGGCTTTCATTTTTGCTCCTGTTGCAAAATAG > NC_000913/230613‑230903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |