| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913 | 2,765,463 | (TATGGCAC)6→7 | intergenic (‑310/+50) | yfjL ← / ← yfjM | CP4‑57 putative defective prophage, DUF4297/DUF1837 polymorphic toxin family protein/CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2765411 | 1 (0.040) | 21 (0.510) +GCACTATG |
23/178 | 0.3 | 94.6% | intergenic (‑258/+102) | yfjL/yfjM | CP4‑57 putative defective prophage, DUF4297/DUF1837 polymorphic toxin family protein/CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| ? | NC_000913 | 2765412 = | 1 (0.020) | intergenic (‑259/+101) | yfjL/yfjM | CP4‑57 putative defective prophage, DUF4297/DUF1837 polymorphic toxin family protein/CP4‑57 prophage; uncharacterized protein | |||||
CAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCATATCTCGATGCTCTTTGAGCAAT > NC_000913/2765264‑2765558 | aagcttttcaggattccacaaatattgtaaccctgacatctaatttggttatataacatactgccccaactaacgtaaggtaggcacagccttaatcaaggttttggttttcaaatagttcagagctgagaccgccaaccgcactatggca < 1:375845‑M2/3‑1 (MQ=255) ttttcaggattacacaaatattgtaaccctgacgtctaatttggttatataacatactgccccaactaacgtaaggtaggcacagccttaatcaaggttttggttttcaaatagatcagagctgagaccgccaaccgcactatggcacta > 1:262757‑M2/145‑150 (MQ=255) tttcaggattccacaaatattgtaaccctgacgtctaatttggttatataacatactgccccaactaacgtaaggtaggcacagccttaatcaaggttttggttttcaaatagttcagagctgagaccgccaaccgcactatggcactatg > 1:339670‑M2/144‑151 (MQ=255) 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tttggttatataacatactgccccaactaacgtaaggtaggcacagccttaatcaaggttttggttttcaaatagttcagagctgagaccgacaaccgcactatggcactatggcactatggcactatggcactatggcactatggcact > 1:69100‑M2/106‑150 (MQ=255) acatactgccccaactaacgtaaggtaggcacagccttaatcaaggttttggttttcaaatagttcagagctgagaccgccaaccgcactatgGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGcc > 1:479337‑M2/94‑149 (MQ=255) gccccaactaacgtaaggtaggcacagccttaatcaaggttttggttttcaaatagttcagagctgagaccgccaaccgcactatgGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAtt < 2:247042‑M2/63‑1 (MQ=255) tACTGCCCCAAGTATCTTAAGGTAGGCTCATCGTTATTGAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTTAGACCGCCAACCGCACtatcgcactattgcactattgaactatggcacgatggcactgtggcactatggcaccgccat < 1:354889/148‑15 (MQ=255) aactaacgtaaggaaggcacagccttaatcaaggttttggttttcaaatagttcagagctgagaccgccaaccgctctatgGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATca < 1:583188‑M2/70‑1 (MQ=255) 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CAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCATATCTCGATGCTCTTTGAGCAAT > NC_000913/2765264‑2765558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |