| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,747,020 | G→A | A259V (GCG→GTG) | ffh ← | Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,747,020 | 0 | G | A | 97.4% | 118.6 / ‑4.2 | 39 | A259V (GCG→GTG) | ffh | Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (16/21); total (16/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
ATCTTCGATCAGCGACAGTACGTCGCCCATGCCGAGAATACGCGACGCGATGCGGTCCGGATGGAACGGCTCCAGCGCCTCAGTTTTCTCGCCAACACCGAGGAACTTGATCGGTTTGCCAGTGATGTGACGAATAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTCATGGCGTCAACCACAAACAGGGTTTCAACCGGGTTAATCGAC > NC_000913/2746878‑2747166 | atCTTCGATCAGCGACAGTACGTCGCCCATGCCGAGAATACGCGACGCGATGCGGTCCGGATGGAACGGCTCCAGCGCCTCAGTTTTCTCTCCAACACCGAGGAACTTGATCGGTTTGCCAGTGATGTGACGAATAGAGAGcaccgcaccg > 2:521541/1‑151 (MQ=255)atCTTCGATCAGCGACAGTACGTCGCCCATGCCGAGAATACGCGACGCGATGCGGTCCGGATGGAACGGCTCCAGCGCCTCAGTTTTCTCGCCAACACCGAGGAACTTGATCGGTTTGCCAGTGATGTGACGAATAGAGAGCGCCGCAcc < 2:452897/150‑1 (MQ=255) cGATCAGCGACAGTACGTCGCCCATGCCGAGAATACGCGACGCGATGCGGTCCGGATGGATCGGCTCCAGCGCTTCTGTTTTCTCGCCAACACCGAGGAACTTGATCGGTTGGCCAGTGATGTGACGAATAGAGAGCACCGCAccgccg < 1:117390/149‑1 (MQ=255) cGATCAGCGACAGTACGTCGCCCATGCCGAGAATACGCGACGCGATGCGGTCCGGATGGAACGGCTCCAGCGCCTCAGTTTTCTCGCCAACACCGAGGAACTTGATCGGTTTGCCAGTGATGTGACGAATAGAGAGCACCGCACcgccgc 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gagCACCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTCATGGCGTCAACCACAAACAGGGTTTCAACCGGGTTAATCGAc > 2:352751/1‑151 (MQ=255) | ATCTTCGATCAGCGACAGTACGTCGCCCATGCCGAGAATACGCGACGCGATGCGGTCCGGATGGAACGGCTCCAGCGCCTCAGTTTTCTCGCCAACACCGAGGAACTTGATCGGTTTGCCAGTGATGTGACGAATAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTCATGGCGTCAACCACAAACAGGGTTTCAACCGGGTTAATCGAC > NC_000913/2746878‑2747166 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |