| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 903,872 | (G)5→6 | intergenic (‑138/+80) | artP ← / ← ybjP | arginine ABC transporter ATPase/lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 903,867 | 1 | . | G | 99.0% | 357.4 / ‑3.6 | 99 | intergenic (‑133/+85) | artP/ybjP | arginine ABC transporter ATPase/lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (52/46); total (53/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GTTTAATTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑GGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTA > NC_000913/903717‑904010 | gTTTAATTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAc < 1:1003524/151‑1 (MQ=255) ttAATTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑gg > 2:247077/1‑151 (MQ=255) aaTTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑gggg > 1:552676/1‑151 (MQ=255) aaTTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑gggg > 4:437071/1‑151 (MQ=255) aaTTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑ggg < 1:645710/150‑1 (MQ=255) tGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑gggggg < 3:70580/150‑2 (MQ=255) aaTACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑ggggggcgg < 3:256447/151‑5 (MQ=255) aTACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑ggggggcggt < 2:138302/151‑6 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |