| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 43.0% | 140.8 / 18.6 | 86 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/11); new base C (0/37); total (38/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.25e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGG > NC_000913/801969‑802268 | tAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTaaaa < 2:1002558/150‑1 (MQ=255) aGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑cca < 1:835534/151‑1 (MQ=255) gCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑ccac > 4:441547/1‑151 (MQ=255) cGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑ccacc < 4:95179/151‑1 (MQ=255) gAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccg < 2:221576/151‑1 (MQ=255) aCTGGCGTGGGTGCTTTTTGGGATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑ACAccgcc > 2:302133/1‑151 (MQ=255) cGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAtt > 2:578174/1‑151 (MQ=255) gTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAtt > 3:363602/1‑150 (MQ=255) gggTGTTTTTTGGTATTTCCCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAACCTTTTCCC‑GGAACCTGTCTTCTTTTTATTTCCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTGGTTAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTa < 2:961771/149‑1 (MQ=255) gCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCgg > 2:583249/1‑150 (MQ=255) tttttGGTATTTCCCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGTTTATCAACCTTTCCCC‑GGACCCTGTCGTATTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCgg < 2:984636/148‑1 (MQ=255) ttttgGGTATTTCCCTGGCGGCCTTTGTGGGGCTGTTTATAAAGCCTTCCCC‑GGACCCTGTCGTACTGTAAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGTTAATTTACCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGtt < 2:585294/150‑1 (MQ=255) ttttGGTTTTTACCGGGGGGCTTTTGTGGGGCTGTTTATCAAGCCTTTCCC‑GGACCCTGTCGTACTGTTATTTGCCTTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTGGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTa < 3:260416/150‑1 (MQ=255) tGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTActct > 1:891570/1‑151 (MQ=255) tttgcgggggggcCGTTGAGGGGCTGTTTATAAGGCATTCCCG‑GGATCCTGTCTTACTTTTTATTCCCGTTGCTGCCCCAGGGGTGGTGGTCGTTAACTTACCCGACGGTGCGTTTACAA‑CCGCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc < 1:407472/138‑1 (MQ=255) tttccgtGGCGGCTATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTCCCG‑GGACCCTTTCGTACTTTTAATTGCCTTTGCTGCCTCAATGGTGGTGTTCGTTACCTTATCCGCCGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCa < 3:63661/143‑1 (MQ=255) tttCCCTGGCGGCCATTGGGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGACCCTGTCTTACTTTTATTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGTTAATTTACCCGACGGTGCGTTAAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCa < 2:523536/149‑1 (MQ=255) ttcccgggcggcCTTGGTGGGGTTGGTTATCACGCCTTTCCC‑GGACCCTGTCGTCCTGTTAATTGCCTTTGCTGCCTCAAGGGGGGTGGTCGTTACTTTACCCGAGGGTG‑GTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg < 3:21338/144‑1 (MQ=255) 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ggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctgg > 2:1047564/1‑151 (MQ=255) ccATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggct > 2:417142/1‑151 (MQ=255) cATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctg > 3:71872/1‑151 (MQ=255) ttGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgt > 3:161553/1‑151 (MQ=255) tttgGGGCTGTTTATCATCCCTTTCCC‑GGACCCTTTCGTCTTGTTATTTGCGGTGCCTCCCTCATTGGTGTTGGTCGGTATTTTCTCCGCCGTTCCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgt < 1:119800/148‑1 (MQ=255) tgGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGtt > 1:880358/1‑151 (MQ=255) ggggCTGTTTATAAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTTTTATTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTATTTTACCCGAGGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGtt < 2:722381/150‑1 (MQ=255) gggTTGTTTATCAAGCCTTTCCC‑GGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCGGTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTCGTTACTTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGtttc < 1:877937/151‑3 (MQ=255) gggTTGTTTATCAA‑CCTTTCCCGGGACCCTGTCTTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTGGTTAATTTACCCGGCGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtct < 2:175803/151‑1 (MQ=255) gggCTGTTTATCAACCTTTTCCC‑GGACCCTGTCTTACTGTTAATTGCCGTTGCGGCCTAAATGGTGGTGGGCGGTACTTTGCCCGAGGGGGCTTTAAAAA‑CCTCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtct < 1:906694/151‑1 (MQ=255) ggCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtctc < 4:260516/151‑1 (MQ=255) ggCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtctc > 2:1165139/1‑151 (MQ=255) cTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCgg > 1:1251014/1‑151 (MQ=255) cTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCgg > 2:944793/1‑151 (MQ=255) tGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGc > 2:1217702/1‑151 (MQ=255) 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TAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGG > NC_000913/801969‑802268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |