| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,135,451 | A→G | K539K (AAA→AAG) | katG → | catalase‑peroxidase HPI, heme b‑containing |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,135,451 | 0 | A | G | 99.3% | 540.4 / NA | 146 | K539K (AAA→AAG) | katG | catalase‑peroxidase HPI, heme b‑containing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (70/75); minor base T (1/0); total (71/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GTCTGGCATTAATGCCGCAGCGCGACTGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTT > NC_000913/4135306‑4135599 | gTCTGGCATTAATGCCGCAGCGCGACTGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAGGCCg > 4:196587/1‑150 (MQ=255)gTCTGGCATTAATGCCGCAGCGCGACTGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAGGCCGc < 3:423507/151‑1 (MQ=255) cTGGCATTAATGCCGCAGCGCGACTGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAGGCCGc < 3:249730/149‑1 (MQ=255) cTGGCATTAATGCCGCAGCGCGACTGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAGGCCGc > 2:1164185/1‑149 (MQ=255) cTGGCATTAATGCCGCAGCGCGACTGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAGGCCGCa > 2:543126/1‑150 (MQ=255) tGGCATTAATGCCGCAGCGCGACTGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAGGCCGCa > 1:899455/1‑149 (MQ=255) ggCATTAATGCCGCAGCGCGACTGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAGGCCGCAAgc < 1:706824/151‑1 (MQ=255) ggCATTAATGCCGCAGCGCGACTGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAGGCCGCAAg < 1:1026042/150‑1 (MQ=255) 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ttGAGAAGGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGGGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTgg < 2:1140859/150‑1 (MQ=255) tGAGAAGGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGa < 1:1030223/150‑1 (MQ=255) | GTCTGGCATTAATGCCGCAGCGCGACTGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTT > NC_000913/4135306‑4135599 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |