| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,423,287 | 0 | G | C | 45.5% | 127.2 / 60.9 | 101 | intergenic (+93/+136) | yhdZ/rrfF | putative amino acid ABC transporter ATPase/5S ribosomal RNA of rrnD operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/43); new base C (46/0); total (58/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCATCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCTCCCGGC‑GGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGA‑CAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCC > NC_000913/3423143‑3423437 | gcATCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGCC‑TG‑cccccccccc > 1:400574/1‑151 (MQ=255) cATCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGCC‑TG‑ccccccccccc > 1:379427/1‑150 (MQ=255) aTCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTc < 1:168332/151‑1 (MQ=255) tCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGCC‑TG‑CCCGCCAcccccc > 2:1056586/1‑151 (MQ=255) ccTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTc < 1:928707/149‑1 (MQ=255) aaaTCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGG‑GTGC‑TT‑CCCCCCCCCCTCCgcg > 1:402892/1‑148 (MQ=255) aaaTCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGCC‑TG‑CCCCCCAcccccc > 1:797722/1‑147 (MQ=255) gagCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTTC‑TG‑CCCGCCACCCCCCCGGCCGtt > 2:369347/1‑149 (MQ=255) gagCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 2:1047331/151‑1 (MQ=255) gCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGCC‑TG‑CCCCCCCCCCCCCCGGGCGTTGCtt > 1:312751/1‑151 (MQ=255) gTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGCG‑GGCC‑TG‑CCCCCCCCCCCCCGCGcccc > 1:238122/1‑142 (MQ=255) tACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTTG‑CCCCCCCCCCCCCGGCCGGTTCCt > 2:941429/1‑148 (MQ=37) tACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑CG‑CCCGCCCCCCTCCCGGGCGTTGCtt > 2:669291/1‑148 (MQ=255) aCGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TGCCCCCCCCCCCCCCGGGCCGt > 2:1111338/1‑143 (MQ=255) cGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCa < 1:806998/150‑1 (MQ=255) cGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGCC‑CT‑CCCCCCCCCCCCCCGGCCGCTGCtt > 1:374328/1‑146 (MQ=37) aGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCCCCCCCCTCCCGGCCGGTGCttttcaa > 1:312522/1‑144 (MQ=25) gCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGG‑GGCC‑CG‑CCCCCCCCCCCCCCGGCCGCTGCTTTGCAA‑CG‑tt > 2:838693/1‑150 (MQ=255) 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tgatttgatGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCTCCCGGC‑GGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGA‑CAAACAATAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCtt < 2:83796/150‑1 (MQ=255) tgatttgatGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCTCCCGGC‑GGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGA‑CAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCtt < 2:1000585/150‑1 (MQ=40) tgatttgatGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑CG‑CCCCCCCCCCTCCCGGCCGGTGCTTTGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCCCCCCGC‑GGGCTTGTCCTACTCCGGGGAGGGTTTACCCC‑CAAACAAAAGATAAAACAAAAAGACCAGGCtt > 1:715853/1‑150 (MQ=2) gatttgatGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCTCCCGGC‑GGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGA‑CAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTcc < 1:51089/151‑1 (MQ=39) gatttgatGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCTCCCGGC‑GGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGA‑CAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTc < 2:662458/150‑1 (MQ=39) tttgatGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTAC‑TG‑CCCGCCCCCCCCCCGGCCGCTTCCTTGCAA‑CG‑TTCTAATCCCCGCCCCGC‑GGGTTTTTCCTACGCGGGGGAGGGTTTACCCA‑CCAAAAACAAATAAAACAAAAAGACCAGGCtttc > 2:61977/1‑147 (MQ=2) ttgatGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCTCCCGGC‑GGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGA‑CAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGa < 1:156423/150‑1 (MQ=38) tGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCTCCCGGC‑GGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGA‑CAAACAACAGATa < 2:350915/119‑1 (MQ=35) ggCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCTCCCGGC‑GGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGA‑CAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCttt < 1:634681/151‑1 (MQ=35) ggCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCTCCCGGC‑GGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGA‑CAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCttt < 1:686947/151‑1 (MQ=35) 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ccGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCTCCCGGC‑GGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGA‑CAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGtt < 1:853211/151‑1 (MQ=40) gCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCTCCCGGC‑GGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGA‑CAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTcc > 1:1023820/1‑151 (MQ=40) | GCATCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCC‑TG‑CCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA‑CG‑TTCAAATCCGCTCCCGGC‑GGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGA‑CAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCC > NC_000913/3423143‑3423437 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |