| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,750,344 | T→C | Y87H (TAT→CAT) | sgbE → | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,750,344 | 0 | T | C | 98.6% | 243.5 / ‑4.2 | 70 | Y87H (TAT→CAT) | sgbE | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (36/33); total (36/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
ATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCTATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCTGCACGCGACAGATGACCGCAGAGG > NC_000913/3750196‑3750491 | atggatggTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCAt < 1:552505/151‑1 (MQ=255) ggatggTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGc > 1:987056/1‑151 (MQ=255) ggatggTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGc > 2:217644/1‑151 (MQ=255) ggTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGa < 1:561538/150‑1 (MQ=255) gTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGaaa < 2:282491/151‑1 (MQ=255) gTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGaa > 1:377457/1‑150 (MQ=255) aaTCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAAtt < 2:1179924/151‑1 (MQ=255) tCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTgg > 1:739760/1‑151 (MQ=255) tCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGCGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTgg > 2:294951/1‑151 (MQ=255) tCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGGGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTGGAGATAGCCAGCGGTAAGGGGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGGCGCCATGCCGAAATTgg > 1:974035/1‑151 (MQ=255) aaaCCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCg < 2:792713/151‑1 (MQ=255) aaaCCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCg > 1:870882/1‑151 (MQ=255) aaCCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCgg > 1:1089617/1‑151 (MQ=255) ggCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGGGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGc > 1:104795/1‑151 (MQ=255) aGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCa < 1:926479/151‑1 (MQ=255) acgacgTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTc > 2:475864/1‑151 (MQ=255) acgacgTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTc > 2:998955/1‑151 (MQ=255) acgacgTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTc < 2:987079/151‑1 (MQ=255) cgacgTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTcg < 1:766117/151‑1 (MQ=255) gacgTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTcg > 1:308511/1‑150 (MQ=255) gacgTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGGGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCAAAccc > 1:353943/1‑145 (MQ=255) acgTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTcgc > 2:591715/1‑150 (MQ=255) gTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCgcgc < 1:394170/150‑1 (MQ=255) cgccgACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGccacc > 1:488796/1‑151 (MQ=255) ccgACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGccacc > 1:720177/1‑149 (MQ=255) ccgACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCAt < 2:585880/151‑1 (MQ=255) cgacgaTATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATc < 1:1100763/151‑1 (MQ=255) cgaTATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTgg > 2:152431/1‑151 (MQ=255) gaTATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGt < 1:683485/151‑1 (MQ=255) tatGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTc > 1:970494/1‑150 (MQ=255) gtggtggtTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAgg > 2:960332/1‑151 (MQ=255) gtTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCgg > 1:614657/1‑149 (MQ=255) tGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCt < 1:171605/150‑1 (MQ=255) cAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTcccc < 2:1050781/151‑1 (MQ=255) aaGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAACCCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTgg < 1:70715/150‑1 (MQ=255) aaGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATCCCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTggg < 2:547295/151‑1 (MQ=255) ggAAGGCAGAAAAAAACCCTCTTCCGATCCACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGTTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGcaccac < 2:589533/150‑1 (MQ=255) agcaAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATTTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGcc < 1:1150612/150‑1 (MQ=255) agcaAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCg > 2:1094225/1‑151 (MQ=255) agcaAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCCGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCg > 2:430527/1‑151 (MQ=255) caAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGa < 2:931955/150‑1 (MQ=255) aaaaaaCCCTCTTCCGATACACCACCGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAAGTGGCGGTATTGTGCGTACCCCCTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCGGGCCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCCCCACCCACGCCGatt < 1:622446/151‑1 (MQ=255) aaaaaaCCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGatt < 2:947488/151‑1 (MQ=255) aaaaaaCCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGatt > 1:535303/1‑151 (MQ=255) aaaaCCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGattat > 2:562783/1‑151 (MQ=255) ccTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTAttttt > 2:1093141/1‑150 (MQ=255) ccTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTAttttt > 2:483790/1‑150 (MQ=255) ctTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACgg > 1:509362/1‑151 (MQ=255) 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cacCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATcc < 1:695649/150‑1 (MQ=255) ccAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCt < 2:739770/151‑1 (MQ=255) ccAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCt < 1:252770/151‑1 (MQ=255) ccAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCt > 2:419735/1‑151 (MQ=255) cAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCCCCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCt > 1:145677/1‑150 (MQ=255) 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tGGCGCTCTACCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCTGCACGCGAc > 1:663372/1‑150 (MQ=255) aCCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGTTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCTGCACGCGACAGATGACCg < 1:341675/150‑1 (MQ=255) aCCGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCTGCACGCGACAGATGAc < 2:368218/148‑1 (MQ=255) ccGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTTTTGTGCATACCCACTCCTGCCCGGCCTCCATCTGCTCCCAGGCCGGCGTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCTGCACGCGACAGATGACCg < 1:270593/149‑1 (MQ=255) ccGTCGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCTGCACGCGACAGATGACCg > 1:548351/1‑149 (MQ=255) cGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCTGCACGTGACAGATGACCGCAgagg < 2:82301/151‑1 (MQ=255) cGCCATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCTGCACGCGACAGATGACCGCagag < 2:835576/150‑1 (MQ=255) | ATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCAACGCATCTGGCGCTCTACCGTCGCTATGCCGAAATTGGCGGTATTGTGCATACCCACTCGCGCCACGCCACCATCTGGTCACAGGCCGGGCTGGATCTCCCCGCCTGGGGCACCACCCACGCCGATTATTTTTACGGTGCCATCCCCTGCACGCGACAGATGACCGCAGAGG > NC_000913/3750196‑3750491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |