| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,454,344 | C→T | G254G (GGC→GGT) | yjfF → | putative sugar ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,454,344 | 0 | C | T | 88.0% | 232.3 / ‑5.3 | 76 | G254G (GGC→GGT) | yjfF | putative sugar ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (29/37); minor base G (9/0); total (38/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCACTCGCAGCACCACTATTCGCATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGCGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGTTGGAACGGTATTAGGGACGCTTTTTGGCGTGGCGATTCAGGGACTGATTCAGACTTACATAAACTTTGATGGCACGCTGAGTTCCTGGTGGACGAAAATCGCCATCGGTATTTTGTTGTTT > NC_000913/4454196‑4454488 | ccACTCGCAGCACCACTATTCGCATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTTTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGGAGGGGG‑GGGACTGGGTGCTATCGCCTCAAT‑GGGA‑ATTGgggg > 2:455170/1‑151 (MQ=255) cACTCGCAGCACCACTATTCGCATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTggtggt < 1:202177/151‑1 (MQ=255) cACTCGCAGCACCACTATTCGCATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTggtggt < 2:430037/151‑1 (MQ=255) aCTCGCAGCACCACTATTCGCATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTa < 1:502679/151‑1 (MQ=255) cGCAGCACCACTATTCGCATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACg < 1:513448/150‑1 (MQ=255) cGCAGCACCACTATTCGCATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACg < 1:415830/150‑1 (MQ=255) agcaCCACTATTCGCATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATAACCAGGCCGGGTATGCGCTGGCGGGCGGTGGGGT‑GGGAATGGGTGCTTTCGCCCCCGG‑GGGA‑ATTTGGGGGACGCctt > 2:472173/1‑151 (MQ=255) ccacTATTCGCATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGGAGGGGT‑GGGAATGGATGCTATCGCCTCCGG‑GGGA‑ATTGGGGGTACGCtttt > 2:341039/1‑148 (MQ=255) tATTCGCATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTTTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCCGGCGGGGGGTGGAGG‑GGGAAAGGGAGCTATCGCCTCCGT‑GGCA‑AATGGGGGTACGCcttt > 2:923077/1‑144 (MQ=255) gCATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGt < 2:825314/151‑1 (MQ=255) cATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGtt < 2:1142529/151‑1 (MQ=255) cATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGtt < 2:384400/151‑1 (MQ=255) tttATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGGGGAGGGGG‑GGGAATGGGTGCTAACGCCCCCGG‑GGGA‑AATTGGGGGAAGCTTTTGGGGGGGGGGGtttg > 2:512873/1‑149 (MQ=255) ttATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGG‑GGGACTTGATGCTATCGCCCCCGT‑GGTA‑ATTGGGGGGACGCTTTTTAGCGGGGGGGTTgg > 2:183039/1‑150 (MQ=255) atatGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGTTGGaa < 1:573630/150‑1 (MQ=255) atatGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGTTGGAAc < 2:80936/151‑1 (MQ=255) tGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGGGGGCGGAGGGGT‑GGGAACGGGTGCTTTCGCCCCACT‑GGGA‑ATTGGGGGGAAGCCTTTTGGCGGGGGGGTTGGGAccg > 1:188355/1‑148 (MQ=255) gCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGTTGGAACGGTa < 2:349233/151‑1 (MQ=255) tctcCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGGTTGTCGTCTCGCTTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGGGTTGGTGG‑GGGAATGGGTGCTTTTGCCTCAGT‑GGGG‑GATTGTGGGACGCCTTTGAGCGGGGGCGTTGGGACGGGAtt > 2:524539/1‑151 (MQ=255) tctcCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGGTATGCGCTGGCGGGGGGAGGGGTGGGAATGGGATGCAAT‑GCCCCCGTGGGAA‑ATTGGGGGT‑CGCTTTTTTGGGGGGGGGTTTGAACgggttt > 2:937194/1‑147 (MQ=255) tctcCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGTTGGAACGGt < 1:207962/148‑1 (MQ=255) ccACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTTTTCTCGATTTATACCCCGGCCGGGGATGCGCCGGCGGTGGTAGGGGG‑TGAAATGGATGCCATTGCCGCAGT‑GGGACATTGGTGG‑ACGCATTTGAGCCGTGGGGGTGGAACCGTCttttg > 1:1058643/1‑148 (MQ=255) cACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGTTGGAACGGTATTAggg < 2:1136876/151‑1 (MQ=255) 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> 2:852930/1‑121 (MQ=255) tcttctCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGGA‑ATTGGTGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGTTGGAACGGTATTAGGGACGCTTTTTGGCGTGGCGATTCAGGGACt > 2:1061033/1‑151 (MQ=255) cGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGTTGGAACGGTATTAGGGACGCTTTTTGGCGTGGCGATTCAGGGACTGATTc < 2:1035645/150‑1 (MQ=255) cGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGTTGGAACGGTATTAGGGACGCTTTTTGGCGTGGCGATTCAGGGACTGATTCa < 2:787981/151‑1 (MQ=255) tttATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGGAGGCGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGG‑GGGA‑ATTGGTGGGACGCTTTTGAGCGGTGGCGTTGGAACGGCATTAGGGACGCTTTTTGGCGTGGCGATTCAGGGAccg > 1:559617/1‑141 (MQ=255) ttATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGTGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGTTGGAACGGTATTAGGGACGCTTTTTGGCGTGGCGATTCAGGGACTGATTCAGAc < 2:898366/150‑1 (MQ=255) 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CCACTCGCAGCACCACTATTCGCATTTATATGCTCTCCACCGGACTGGCAACGCTGGCGGGGATTGTCTTCTCGATTTATACCCAGGCCGGATATGCGCTGGCGGGCGTAGGTGT‑GGAACTGGATGCTATCGCCTCAGT‑GGTA‑ATTGGCGGTACGCTTTTGAGCGGTGGCGTTGGAACGGTATTAGGGACGCTTTTTGGCGTGGCGATTCAGGGACTGATTCAGACTTACATAAACTTTGATGGCACGCTGAGTTCCTGGTGGACGAAAATCGCCATCGGTATTTTGTTGTTT > NC_000913/4454196‑4454488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |