Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,764,710 | T→C | intergenic (‑324/+224) | sufA ← / ← ydiH | Fe‑S cluster assembly protein/uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,764,710 | 0 | T | C | 98.5% | 225.5 / NA | 66 | intergenic (‑324/+224) | sufA/ydiH | Fe‑S cluster assembly protein/uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (39/26); minor base A (0/1); total (39/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 |
GTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAG‑TCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGAT > NC_000913/1764562‑1764853 | gTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAG‑TCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGctt < 1:69146/151‑1 (MQ=255) gTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAG‑TCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGctt < 2:1140368/151‑1 (MQ=255) ttatCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAG‑TCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGCTTCTACCCCATCCGgcg > 2:144273/1‑151 (MQ=255) 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cGACACAGGCTAAA‑GGGCTTCTCCCCCACCCGGCGTTTATCCCCGCCACTCTCAGTGGCTTAGCTTTTGAAGGGGCAATAAAAATAATCTCAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAatat < 1:183803/149‑1 (MQ=255) cacgGGTTTAG‑GGGCTTCTCCCCCACCCGCCGCTTATCCCCGCCACTCTCGGTGGCTTGGCTCTTGAGGGGGCGATAAAAATATTCTCATAAAGTAAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAgg < 2:856539/150‑1 (MQ=255) acaGGCTTAA‑GGGATTCTACCCCTCCCGGCTTTTATCCCCGGCACCCTAAGTGCTTTAGCTGTTGAAGGGCGAAAAAGAATAATCCTATAAAGCAAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGc < 2:65719/150‑1 (MQ=255) ggtttAA‑GGGCTTCTCCCCCACCCGGCTCTTATCTCCGGCCCTCTCAGTGGTTTAGCTCTTGAGGGGGCGAAAAAATAAATCTAAAAAAGCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCgg < 2:951532/146‑1 (MQ=255) tAA‑GGGCTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGAt > 1:595938/1‑150 (MQ=255) | GTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAG‑TCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGAT > NC_000913/1764562‑1764853 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |