| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 987,522 | 0 | C | A | 48.6% | 37.5 / 17.3 | 37 | intergenic (‑540/+63) | ompF/asnS | outer membrane porin 1a (Ia;b;F)/asparaginyl tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/10); new base A (18/0); total (27/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATAGTATGAAAATTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGACTTAACAAACAGATAACTTG‑ACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTACGTGGGAACGGAATCACATCACGTACGTTTTGCACGCCAGTTACGTAAGCAATCAGACGTTC > NC_000913/987373‑987671 | aTAGTATGAAAATTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGACTTaacaaaca < 2:1353/151‑1 (MQ=255)aTAGTATGAAAATTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGACTTaacaaaca < 2:774088/151‑1 (MQ=255) tATGAAAATTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGACTTAACAAACAGAt < 2:81683/150‑1 (MQ=255) aTTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGCAAAAAAATTGCTTTACTTaaaaaacaaaaaa > 1:938185/1‑140 (MQ=255) gCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGAAAAATAATTCTTTAATTAAAAAAAAAAAAAAATG‑ACAg > 2:449562/1‑148 (MQ=255) ttAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGCTTCCAATCAATTTCTTTTCTTAACAAAAAAATAAcctaccaccaaaaa > 1:538265/1‑137 (MQ=255) aGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGACTTAACAAACAGATAACTTG‑ACAGAAAAGATa < 1:663368/150‑1 (MQ=255) aaGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGACTTAACAAACAGATAACTTG‑ACAGAAAAGATaaaaaa < 1:646322/151‑1 (MQ=255) 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aaaTGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGGAAAAAATTGCTTGTCTTTAAAAAAAAATAACTTT‑ACAGAAAAAAAAAAAAAAAAGACAGCGGGGGCCGGCTCTTTAAGACGCCAAAATaaaaaacg > 1:355322/1‑145 (MQ=255) aaaTGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGCAATAAATTGGTTGCCTTAAAAAACAAAAAAATTT‑ACAGAAAAGAAAAAAAAAAAACCAACGGGGGCGGGGTCTTGTAGAAGCCAAATTaaa > 1:840648/1‑142 (MQ=255) tGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTGGGAAAAAGAATTGTTTTCTTAACAAAAAAATAAAATG‑TACGAAAAAAAAAAAAAAAAAACAACGGGCGCTGGCCCTTTGAGAAGCCAAAATaaaaaatgggggt > 2:1043937/1‑142 (MQ=255) aaTGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGCAAAAAAATTTCTTTTTTTAAAAAACAGATAAATTG‑ACAGAAAAAAAAAAAAAAAAGACAGCGGGGGCTGGGGCTTTAAGACGACAAAATAGAAAAGGGCGTTACGCgg > 2:589422/1‑151 (MQ=255) aaTATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGACTTAACAAACAGATAACTTG‑ACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTAc < 1:928136/151‑1 (MQ=255) aaTATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGAAATAGATTGTTTTTATTTAAAAACAAAAAAATTT‑AAAGAAAAAATAAAAAAAAAAACAACGGGGGCCGGCCCTTTTAGAAGCCAAAATAAAAAATGGCGGTTCGCgggg > 1:1009989/1‑146 (MQ=255) tAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGGTGGCAATAGAATGGTTGGCTTTAAAAAAAGAAAAAATG‑AACAAAAAGAAAAAAAAAAAGGCAGCGGGGGGGGGCTCCTGAAAAAGCCAAAATATAAGATGGCGGTAAGCCGAAAACGTGGGaa > 1:625122/1‑149 (MQ=255) atCGTTATGGCGGGGTTGCAAAAAAATTGCTTGACTTAAAAAAAAGATAAAATG‑ACAGAAAAAATAAAAAAAAAACCAGCGGGCGCTGGCTCTTTTAAACGCCAAAATAAAAACTGGCGTTACGCGGAGGACGTGGGGAAGGGatca > 2:132539/1‑147 (MQ=255) ggCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGACTTAACAAACAGATAACTTG‑ACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTACGTGGGAACGGAATCACATCacgtacgt < 1:112510/151‑1 (MQ=255) tGCAAATAGATTGCTTGACTTAACAAACAGATAACTTG‑ACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTACGTGGGAACGGAATCACATCACGTACGTTTTGCACg > 1:864589/1‑151 (MQ=255) 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aacaGATAACTTG‑ACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTACGTGGGAACGGAATCACATCACGTACGTTTTGCACGCCAGTTACGTAAGCAATCAGACGtt < 2:572645/151‑1 (MQ=255) aacaGATAACTTG‑ACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTACGTGGGAACGGAATCACATCACGTACGTTTTGCACGCCAGTTACGTAAGCAATCAGACGtt > 2:122756/1‑151 (MQ=255) caGATAACTTG‑ACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTACGTGGGAACGGAATCACATCACGTACGTTTTGCACGCCAGTTACGTAAGCAATCAGACGTTc > 2:959186/1‑150 (MQ=255) | ATAGTATGAAAATTGTGCTATTAGCTAAGAAAAAACTAATCCGCAATAAGAATGCGGATTAGTTTTTGCGCGTAAATGTTGCAATGTAATATTCCGTAACAGGATGATCGTTATGGCGGGGTTGCAAATAGATTGCTTGACTTAACAAACAGATAACTTG‑ACAGAAAAGATAAAAAAAGAGCCAGCGGGCGCTGGCTCTTGAAGACGCTAAATTAGAAGCTGGCGTTACGCGGAGTACGTGGGAACGGAATCACATCACGTACGTTTTGCACGCCAGTTACGTAAGCAATCAGACGTTC > NC_000913/987373‑987671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |