| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,654,763 | A→G | I27M (ATA→ATG) | dctR → | Putative LuxR family repressor for dicarboxylate transport |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,654,763 | 0 | A | G | 98.6% | 257.4 / ‑3.8 | 70 | I27M (ATA→ATG) | dctR | Putative LuxR family repressor for dicarboxylate transport |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (19/49); total (20/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
CCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTA > NC_000913/3654618‑3654908 | cccTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATGCAGaa < 2:736779/151‑1 (MQ=255) ctgtcctgtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATGCAGAACg > 2:761501/1‑151 (MQ=255) gtcctgtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATGCAGAACga < 2:753965/150‑1 (MQ=255) tcctgtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATGCAGAACga > 2:370656/1‑149 (MQ=255) cctgtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATGCAGAACgaag < 2:664820/150‑1 (MQ=255) cctgtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATGCAGAACgaag < 1:207248/150‑1 (MQ=255) cctgtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATGCAGAACga > 1:690854/1‑148 (MQ=255) gtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATGCAGAACGAagaaga < 1:699434/151‑1 (MQ=255) 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cATATGCAGAACGAAGAAGAGATCGTCGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCGTGTGATTATTTTCTCCCCCttg < 2:653878/150‑2 (MQ=255) cATATGCAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTa < 1:989507/151‑1 (MQ=255) tatgCAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCa > 2:546898/1‑126 (MQ=255) tatgCAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCa < 1:546929/126‑1 (MQ=255) | CCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTA > NC_000913/3654618‑3654908 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |