| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 615,301 | T→C | L382P (CTG→CCG) | entF → | enterobactin synthase multienzyme complex component, ATP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 615,301 | 0 | T | C | 98.2% | 194.3 / ‑3.6 | 56 | L382P (CTG→CCG) | entF | enterobactin synthase multienzyme complex component, ATP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (26/29); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
GTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATACCCTGGCAACCGGTCCGGTTAATGACCTTGAACTGGCCCTGTTCCCGGATGTACACGGTGATTTGAGTATTGAGATCCTCGCCAATAAACAGCGTTACGATGAGCCAACGTTAATCCAGCATGCTGAACGCCTGAAAATGCTGATTGCCCAGTTCGCCGCGGATCCGGCGCTGTTGTGCGGCGATGT > NC_000913/615154‑615448 | gTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATACCCTGGCAACCGGTCCGGTTAATGACCTTGAACTGGCCCCGtt < 1:732622/151‑1 (MQ=255) cAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATACCCTGGCAACCGGTCCGGTTAATGACCTTGAACTGGCCCCGTTCCCg < 1:653421/151‑1 (MQ=255) gggCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATACCCTGGCAACCGGTCCGGTTAATGACCTTGAACTGGCCCCGTTCCCGGAt < 1:493254/150‑1 (MQ=255) 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GTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATACCCTGGCAACCGGTCCGGTTAATGACCTTGAACTGGCCCTGTTCCCGGATGTACACGGTGATTTGAGTATTGAGATCCTCGCCAATAAACAGCGTTACGATGAGCCAACGTTAATCCAGCATGCTGAACGCCTGAAAATGCTGATTGCCCAGTTCGCCGCGGATCCGGCGCTGTTGTGCGGCGATGT > NC_000913/615154‑615448 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |