Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	1,529,542	A→G	pseudogene (1641/2037 nt)	rhsE →	pseudogene, Rhs family

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	1,529,542	0	A	G	100.0%	209.8 / NA	56	pseudogene (1641/2037 nt)	rhsE	pseudogene, Rhs family
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (30/26);  total (30/26)

TATCACCCCGGACCCGATTGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTACCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTCGAATGACTAAGACATTTG  >  NC_000913/1529398‑1529687                                                                                                                                                 |                                                                                                                                                  tatCACCCCGGACCCGATTGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTgg                                                                                                                                              >  2:225674/1‑150 (MQ=255) tatCACCCCGGACCCGATTGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTgg                                                                                                                                              >  1:434639/1‑150 (MQ=255) tatCACCCCGGACCCGATTGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGCTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGTCTAATTTATGCCGTATCTGGAGTGCCTg                                                                                                                                               >  2:142939/1‑149 (MQ=255)    cACCCCGGACCCGATTGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGgattg                                                                                                                                          <  2:214895/151‑1 (MQ=255)    cACCCCGGACACGATTGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGgatt                                                                                                                                           >  2:876621/1‑150 (MQ=255)     aCCCCGGACCCGATTGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGgattga                                                                                                                                         <  1:265181/151‑1 (MQ=255)       cccGGACCCGATTGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGgattgatt                                                                                                                                       <  2:561674/151‑1 (MQ=255)        ccGGACCCGATTGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGattgattg                                                                                                                                      <  2:193690/151‑1 (MQ=255)            aCCCGATTGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATtgctgc                                                                                                                                  <  2:370901/151‑1 (MQ=255)               cGATTGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCaaa                                                                                                                               <  2:235852/151‑1 (MQ=255)                   tGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAg                                                                                                                            >  2:627783/1‑150 (MQ=255)                           gagGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTa                                                                                                                    >  1:1063799/1‑150 (MQ=255)                           gagGTGGATGGAATATGAATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGGTAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGAGGACTAATTTATGCCTTATATGGAGTGCCTGGATTGATTGTTGCAAACAACCTTACTa                                                                                                                    >  2:715462/1‑150 (MQ=255)                            agGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAAc                                                                                                                  >  2:262081/1‑151 (MQ=255)                                ggatggaATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTg                                                                                                              >  1:48070/1‑151 (MQ=255)                                  atggaATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCt                                                                                                            >  1:952927/1‑151 (MQ=255)                                    ggaATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCtt                                                                                                           <  2:1057219/150‑1 (MQ=255)                                     gaATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTAc                                                                                                         >  2:798956/1‑151 (MQ=255)                                       atatGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCa                                                                                                       <  1:160691/151‑1 (MQ=255)                                            tATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCg                                                                                                  >  2:375483/1‑151 (MQ=255)                                                 gTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTAt                                                                                             <  1:200851/151‑1 (MQ=255)                                                   aTCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATg                                                                                            >  1:880323/1‑150 (MQ=255)                                                   aTCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATg                                                                                            >  2:771359/1‑150 (MQ=255)                                                   aTCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATg                                                                                            <  1:890190/150‑1 (MQ=255)                                                    tCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGat                                                                                          >  1:862454/1‑151 (MQ=255)                                                     ccGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGat                                                                                          <  1:424723/150‑1 (MQ=255)                                                         tGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATgg                                                                                      >  2:747244/1‑150 (MQ=255)                                                          gAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGAt                                                                                    <  1:105037/151‑1 (MQ=255)                                                              cccATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCt                                                                                 <  1:439129/150‑1 (MQ=255)                                                                 aTACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTAttg                                                                             <  1:986531/151‑1 (MQ=255)                                                                    cAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTAttgttg                                                                          <  2:590563/151‑1 (MQ=255)                                                                      aGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGc                                                                        >  1:276553/1‑151 (MQ=255)                                                                             gACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTc                                                                 <  2:576409/151‑1 (MQ=255)                                                                               tccAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCAt                                                               >  2:188667/2‑151 (MQ=255)                                                                                   aTGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATg                                                           <  2:808748/151‑1 (MQ=255)                                                                                     ggggTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATgg                                                          <  1:799002/150‑1 (MQ=255)                                                                                        gTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGgcc                                                      <  2:551862/151‑1 (MQ=255)                                                                                        gTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGgcc                                                      <  2:564419/151‑1 (MQ=255)                                                                                           aGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGgccgcc                                                   <  1:262105/151‑1 (MQ=255)                                                                                           aGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGgccgcc                                                   >  1:286484/1‑151 (MQ=255)                                                                                                     gagaATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATga                                         <  2:56605/151‑1 (MQ=255)                                                                                                      agaATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATg                                          >  2:372742/1‑149 (MQ=255)                                                                                                              aCATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGtt                                >  1:1066690/1‑151 (MQ=255)                                                                                                               cATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGtt                                >  1:311714/1‑150 (MQ=255)                                                                                                                  cAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACtt                            <  1:740855/151‑1 (MQ=255)                                                                                                                          cTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTc                    >  1:51387/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                          cTAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTc                    >  2:725522/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                           tAATTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTCg                   >  2:1032068/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                            aaTTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTc                    <  2:422926/149‑1 (MQ=255)                                                                                                                            aaTTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTCg                   <  2:569911/150‑1 (MQ=255)                                                                                                                             aTTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTCGa                  >  2:322239/1‑150 (MQ=255)                                                                                                                             aTTTATGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTCGa                  >  2:896210/1‑150 (MQ=255)                                                                                                                                  tGCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTCGAATGACt            >  2:990264/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                                   gCCGTATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTCACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTCGAATGACt            >  1:83573/1‑150 (MQ=255)                                                                                                                                       tATCTGGTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTCGAATGACTAAGAc       >  2:40286/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                                            ggTGTGCCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTCGAATGACTAAGACATTTg  <  1:613938/151‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                 |                                                                                                                                                  TATCACCCCGGACCCGATTGGGTTGAGAGGTGGATGGAATATGTATCAGTATCCGTTGAATCCCATACAAGTGATAGACCCAATGGGGTTAGATGCGATTGAGAATATGACATCAGGTGGACTAATTTATGCCGTATCTGGTGTACCTGGATTGATTGCTGCAAACAGCATTACTAACAGTGCTTACCAGTTCGGTTATGATATGGATGCTATTGTTGGCGGAGCTCATAATGGGGCCGCCGATGCAATGAGACATTGTTACTTGATGTGTCGAATGACTAAGACATTTG  >  NC_000913/1529398‑1529687

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑