| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,607,481 | A→G | T46A (ACC→GCC) | tam → | trans‑aconitate methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,607,481 | 0 | A | G | 98.6% | 223.6 / NA | 71 | T46A (ACC→GCC) | tam | trans‑aconitate methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (39/31); total (40/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
CGGGAGTAAAAAAATGTCTGACTGGAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCACCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCGACTCGTCTCCGGCGATGATTGCTGAAGCGCGCAGTGCTTTGCCAGACTGCCAGTTCGTGGAAGCAGACATCCGCAACTGGCAACCGGTACAGGCACTCG > NC_000913/1607333‑1607628 | cGGGAGTAAAAAAATGTCTGACTGGAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGcc > 1:314690/1‑151 (MQ=255)cGGGAGTAAAAAAATGTCTGACTGGAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGcc < 2:736695/151‑1 (MQ=255) tAAAAAAATGTCTGACTGGAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCtt > 2:652511/1‑151 (MQ=255) aaaaaTGTCTGACTGGAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCt > 1:331925/1‑150 (MQ=255) aaaaTGTCTGACTGGAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTac > 1:19819/1‑151 (MQ=255) aaaTGTCTGACTGGAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTaca < 2:645849/151‑1 (MQ=255) aaTGTCTGACTGGAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTaca > 2:766603/1‑150 (MQ=255) aTGTCTGACTGGAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTacaa > 2:324557/1‑150 (MQ=255) cTGACTGGAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACg > 2:471652/1‑151 (MQ=255) gACTGGAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGtt < 1:918776/151‑1 (MQ=255) cTGGAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTgg > 2:222266/1‑151 (MQ=255) ggAACCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGcc < 1:153510/151‑1 (MQ=255) aaCCCCTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTg < 1:798694/151‑1 (MQ=255) cccTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCgg < 1:331091/151‑1 (MQ=255) cccTCTTTATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCgg > 2:518287/1‑151 (MQ=255) tttATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGTAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGCAACAGCACCGCCCTTTTACAACAACGTTGGCCGGCGGCCCgg > 2:457165/1‑151 (MQ=255) ttATATCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAg < 1:284059/149‑1 (MQ=255) tataTCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGAt > 1:191830/1‑151 (MQ=255) atatCTACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATa < 1:128296/151‑1 (MQ=255) tACACTTTTCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAgg > 2:113927/1‑151 (MQ=255) tttCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCg > 2:761155/1‑150 (MQ=255) tttCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCg < 1:959700/150‑1 (MQ=255) ttCCGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCGa < 1:789294/150‑1 (MQ=255) ttCCGCTGAACGATAGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGGATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACCACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAAAAGGCATCg > 2:436432/1‑149 (MQ=255) ccGCTGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCGACTc > 2:230618/1‑151 (MQ=255) tGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCGACTCGtct > 2:542338/1‑151 (MQ=255) tGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCGACTCGtct > 1:934914/1‑151 (MQ=255) tGAACGATCGCGTCCGGCGGTGGAGCTGCTTGCCAGAGTGCCGCTGGAAAATGTCGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCGACTCGtct > 2:275177/1‑151 (MQ=255) 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(MQ=255) cGAATATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCGACTCGTCTCCGGCGATGATTGCTGAAGCGCGCAGTGCTTTGCCAGACTGCCAGTTCGTGGaa < 1:82509/151‑1 (MQ=255) aaTATGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCGACTCGTCTCCGGCGATGATTGCTGAAGCGCGCAGTGCTTTGCCAGACTGCCAGTTCGTGGAAGc > 1:220648/1‑151 (MQ=255) atatGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCGACTCGTCTCCGGCGATGATTGCTGAAGCGCGCAGTGCTTTGCCAGACTGCCAGTTCGTGGAAGCa < 1:175322/151‑1 (MQ=255) atGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCGACTCGTCTCCGGCGATGATTGCTGAAGCGCGCAGTGCTTTGCCAGACTGCCAGTTCGTGGAAGCAg < 2:34255/150‑1 (MQ=255) atGTTGCCGATCTTGGCTGTGGCCCAGGTAACAGCGCCGCCCTTCTACAACAACGTTGGCCTGCGGCCAGGATAACAGGCATCGACTCGTCTCCGGCGATGATTGCTGAAGCGCGCAGTGCTTTGCCAGACTGCCAGTTCGTGGAAGCAg < 1:647479/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |