Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_000913802,1180AC51.6% 32.9 / 42.3 31T78P (ACC→CCC) ybhIputative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (10/5);  new base C (0/16);  total (10/21)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-05
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.97e-05

AAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTC  >  NC_000913/801970‑802265
                                                                                                                                                    |                                                                                                                                                   
aaGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAacc                                                                                                                                                   >  1:657705/1‑151 (MQ=255)
  gCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAaccac                                                                                                                                                 <  2:2054965/151‑1 (MQ=255)
    gAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccg                                                                                                                                               <  2:1579977/151‑1 (MQ=255)
         ggCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGCGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGt                                                                                                                                           >  2:1836451/1‑150 (MQ=255)
            gTGGGTGTTTTTTGGTATTTCCCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGTTTATCAAGCTTTTCCCGGAACCTGTCGTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTGGGTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAAACCACCGCCGTATTa                                                                                                                                       <  1:2695431/151‑1 (MQ=255)
                     tttgGGTATTTCCCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCGGGACCCTGTCGTACTGTTATTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTGGGTACCTAACCCGGGGGGGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTa                                                                                                                               <  1:2191258/150‑1 (MQ=255)
                               tACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGt                                                                                                                     >  2:2955341/1‑150 (MQ=255)
                                 ccTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTTTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGTTAACTTACCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGt                                                                                                                     <  2:2294413/148‑1 (MQ=255)
                                   tGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccac                                                                                                                >  2:3909363/1‑151 (MQ=255)
                                         ccATTGGGGGGCTGTTTATCAAGCTTTTCCGGGACCCTGTCGTATTGTTAATTGCCTTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTGGGTAATTTACCCGACGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggct                                                                                                          <  1:3837264/151‑1 (MQ=255)
                                                 gggCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGAGGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtct                                                                                                  <  1:2977304/151‑1 (MQ=255)
                                                  ggttgtttATCATTCTTTTCCGGGATCCGGTCGTAATGTTAATTGGCGGTCCTCCCTCAATGGTGGTGGAATGTAACTTATCCGTCTGGGTATTTACACCCTCCCCCGTATTAAGCGGTTACTATTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtctc                                                                                                 <  1:310757/145‑1 (MQ=255)
                                                  ggCTGGTTATCAAGCCTTCCCCGGAACCTTTCGTACTGTTAATGGCCGTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtctc                                                                                                 <  2:1309973/151‑1 (MQ=255)
                                                         tATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTATTTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTACCTTACCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGtt                                                                                           <  2:1185697/150‑1 (MQ=255)
                                                                ccTTTCCCGGAACCTTTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTaa                                                                                   <  2:3406145/151‑1 (MQ=255)
                                                                     cccGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTGGGTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgcc                                                                              <  2:3626789/151‑1 (MQ=255)
                                                                       cgaaaCCTTCCGTATTGTTAATTGCCTTTGCTCCCAAAGTGGTGGTGGTCGGTACTTTATCCGGCGGCGCTTTAAAACCCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgc                                                                                 <  2:2556368/143‑1 (MQ=255)
                                                                          aaCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCAtt                                                                         >  2:533516/1‑151 (MQ=255)
                                                                               gTCGTACTGTTAATTCCCGGTGCTGCCTCTATGGTGGTGCGCTGTAATTTATCCGACGGTGCGTTTAAACCCTCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgccg                                                                             <  1:90915/142‑1 (MQ=255)
                                                                                      tGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCATTGGTGGTGTTCGGTAACTTATCCGAGGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccacc                                                               <  1:1507822/149‑1 (MQ=255)
                                                                                      tGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTATTTTATCCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCg                                                              <  1:1072922/150‑1 (MQ=255)
                                                                                          aaTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCAACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCg                                                              <  2:1734461/146‑1 (MQ=255)
                                                                                                     ctgcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTAt                                              >  2:3827297/1‑151 (MQ=255)
                                                                                                            aaTGTTGGTGGGCGTTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGTCCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTAt                                       <  2:213911/151‑1 (MQ=255)
                                                                                                            aaTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGCCGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGc                                           <  2:886204/147‑1 (MQ=255)
                                                                                                            aaTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCt                                         <  2:3365162/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                             aTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATc                                      >  1:3005189/1‑151 (MQ=255)
                                                                                                             aTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATc                                      >  1:3108191/1‑151 (MQ=255)
                                                                                                               ggtggtggtGGGTAATTTACCCGAGGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTaaa                                                   <  1:3269120/136‑1 (MQ=255)
                                                                                                                   gtggtCGGTAATTTATCCGAGGGTGTTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATctgc                                   <  1:1423034/148‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       tCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTgg                            >  2:2558950/1‑151 (MQ=255)
                                                                                                                               ttATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCg                    >  2:271522/1‑151 (MQ=255)
                                                                                                                                tATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCgg                   >  2:950136/1‑151 (MQ=255)
                                                                                                                                               taaaacCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGctgg     <  2:563041/148‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                                 aaacCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGctgggtc  <  2:392432/151‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                                    |                                                                                                                                                   
AAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTC  >  NC_000913/801970‑802265

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑