| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,551,418 | C→T | A352A (GCG→GCA) | malP ← | maltodextrin phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,551,418 | 0 | C | T | 99.1% | 411.3 / ‑5.4 | 105 | A352A (GCG→GCA) | malP | maltodextrin phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (54/50); total (54/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAAT > NC_000913/3551272‑3551564 | tGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATATGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGTGCt < 3:759009/150‑1 (MQ=255) caccacCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGTGCTTCt < 3:952058/151‑1 (MQ=255) accaccGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTg > 3:65117/1‑151 (MQ=255) ccaccGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTg < 1:467784/150‑1 (MQ=255) caccGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTg < 2:1173671/149‑1 (MQ=255) accGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTGGc > 2:41262/1‑150 (MQ=255) gCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATc > 4:59689/1‑150 (MQ=255) ccAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATc > 1:96866/1‑149 (MQ=255) 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ccAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTtg < 4:400/150‑1 (MQ=255) cAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTtggg < 2:1021521/151‑1 (MQ=255) aGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTtgggt < 3:1019683/151‑1 (MQ=255) tCACATCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTtgggtggg > 3:635193/1‑150 (MQ=255) cacaTCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTgggtgggt > 3:59064/1‑150 (MQ=255) cacaTCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTa < 4:76116/151‑1 (MQ=255) caTCCCAGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATc < 2:771413/151‑1 (MQ=255) cccAGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGt < 2:255730/150‑1 (MQ=255) cccAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGAAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGtt < 1:193036/151‑1 (MQ=255) ccAGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTc < 4:70151/151‑1 (MQ=255) aGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAg < 4:291176/151‑1 (MQ=255) aGCGTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAg < 2:1260083/151‑1 (MQ=255) gTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTg < 1:205091/151‑1 (MQ=255) gTTCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTg > 1:170047/1‑151 (MQ=255) ttCCAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTg > 2:524129/1‑150 (MQ=255) ccAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAAt < 2:635167/151‑1 (MQ=255) ccAGTGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAAt > 2:170575/1‑151 (MQ=255) | TGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGTATCGTTCAGCTGAAT > NC_000913/3551272‑3551564 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |