| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 372,097 | C→T | R287C (CGC→TGC) | mhpC → | 2‑hydroxy‑6‑ketonona‑2,4‑dienedioic acid hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 372,097 | 0 | C | T | 98.4% | 241.7 / NA | 61 | R287C (CGC→TGC) | mhpC | 2‑hydroxy‑6‑ketonona‑2,4‑dienedioic acid hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (30/30); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTGCGCGATCTGATTGGTATCGATAACGCTGAAGCGGCTTACGCCATTC > NC_000913/371956‑372238 | cGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAg < 1:446082/151‑1 (MQ=255) gtgCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATg < 2:778438/150‑1 (MQ=255) ccGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCa < 1:598686/151‑1 (MQ=255) cGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCAt < 2:561856/151‑1 (MQ=255) cGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCAt < 2:648848/151‑1 (MQ=255) cGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCAt < 2:686351/151‑1 (MQ=255) cGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCAt > 1:180996/1‑151 (MQ=255) cGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCAt > 1:1040070/1‑151 (MQ=255) ggatgCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCCTAAGGAATGGTCATGACg < 1:191699/151‑1 (MQ=255) ggTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATa < 1:356388/151‑1 (MQ=255) tctgcgtctgcTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATAct > 1:673574/1‑151 (MQ=255) cgtctgcTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTg > 2:210338/1‑151 (MQ=255) gtctgcTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGa < 1:4675/151‑1 (MQ=255) gtctgcTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGa < 1:803126/151‑1 (MQ=255) tctgcTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTg > 2:459084/1‑149 (MQ=255) gctgTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAg < 1:820239/148‑1 (MQ=255) gctgTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCACTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAg < 1:459565/148‑1 (MQ=255) tgTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACt > 1:283642/1‑151 (MQ=255) gTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTg > 2:707915/1‑151 (MQ=255) 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atCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGc > 2:357191/1‑151 (MQ=255) tCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGc > 1:343756/1‑150 (MQ=255) ttCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAgg > 2:323601/1‑151 (MQ=255) tCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCagag > 2:360500/1‑146 (MQ=255) ccGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAggg < 1:787622/150‑1 (MQ=255) ccGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGc < 1:619115/151‑1 (MQ=255) ccGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGc < 2:385487/151‑1 (MQ=255) cgcgACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCg > 1:600011/1‑151 (MQ=255) cgACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGaa < 1:967855/151‑1 (MQ=255) gACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAg < 2:495084/151‑1 (MQ=255) gtgGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCg < 2:181506/149‑1 (MQ=255) ggTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATGCTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTg < 1:554613/151‑1 (MQ=255) gcgcAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTgc < 2:379365/151‑1 (MQ=255) gcAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCGACTGGTGCTGAATTTCCACGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTAACGGCGGATTTACGCCGCGACGCAGAGCAGGGCGAAGCGATAGCTCCGCTgcgc < 2:388657/151‑1 (MQ=255) cAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAAGGCGAAGCGATTGCACCGCTGcgcg > 1:1015237/1‑151 (MQ=255) cATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTGCGCGATCTGATTg > 2:643261/1‑151 (MQ=255) cGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTGCGCGATCTGATTGGTATc < 1:1004073/151‑1 (MQ=255) gACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTGCGCGATCTGATTGGTATCg > 2:333677/1‑151 (MQ=255) gACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTGCGCGATCTGATTGGTATCg > 2:293772/1‑151 (MQ=255) gACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTGCGCGATCTGATTGGTATCg < 1:776085/151‑1 (MQ=255) 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tCCTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTGCGCGATCTGATTGGTATCGATAACGCTGAAGCGGCTTACGCCATTc > 1:815887/1‑150 (MQ=255) ccTCGCATGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTGCGCGATCTGATTGGTATCGATAACGCTGAAGCGGCTTACGCCATTc > 1:942269/1‑149 (MQ=255) | CGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGACTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTGCGCGATCTGATTGGTATCGATAACGCTGAAGCGGCTTACGCCATTC > NC_000913/371956‑372238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |