| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,101,039 | (C)7→8 | coding (585/720 nt) | yggN ← | DUF2884 family putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,101,032 | 1 | . | C | 97.9% | 522.4 / 2.8 | 140 | coding (592/720 nt) | yggN | DUF2884 family putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base C (75/62); total (76/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
GCCGTCTTAAAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCGAACCTGATC > NC_000913/3100885‑3101176 | gCCGTCTTAAAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑‑ccc > 1:2091130/1‑151 (MQ=255)gCCGTCTTAAAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑‑ccc > 1:81487/1‑151 (MQ=255) cTTAAAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑‑cccccccc > 1:2013687/1‑150 (MQ=255) 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cACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTgg < 2:353043/151‑1 (MQ=255) tCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCt > 1:613178/1‑151 (MQ=255) cGGTTTGGATTGAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGcc < 1:867636/149‑1 (MQ=255) ggTTTGGATTGAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTc < 1:1268559/151‑1 (MQ=255) ttGGATTGAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgc > 1:685486/1‑151 (MQ=255) tGGATTGAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg > 2:1106171/1‑151 (MQ=255) ggATTGAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcgc > 1:1714891/1‑151 (MQ=255) ggATTGAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 2:1690616/150‑1 (MQ=255) ggATTGAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 1:16889/150‑1 (MQ=255) aTTGAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCGa < 1:1157185/151‑1 (MQ=255) ttGAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCGa > 2:744631/1‑150 (MQ=255) gAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCGAAcc > 1:527370/1‑151 (MQ=255) gAGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCGAAcc > 2:1484745/1‑151 (MQ=255) aGGATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCGAACCt < 1:392363/151‑1 (MQ=255) gATTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCGAACCTGa < 2:2033075/151‑1 (MQ=255) aTTGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCGAACCTGAt < 1:628389/151‑1 (MQ=255) tGCAGC‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCGAACCTGATc > 1:1539500/1‑150 (MQ=255) | GCCGTCTTAAAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCGAACCTGATC > NC_000913/3100885‑3101176 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |