| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 267,378 | A→G | W210R (TGG→CGG) | yafZ ← | CP4‑6 prophage; conserved protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 267,378 | 0 | A | G | 99.3% | 501.9 / NA | 137 | W210R (TGG→CGG) | yafZ | CP4‑6 prophage; conserved protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (65/71); minor base C (1/0); total (66/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CGGTTAAGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCAGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCTCCTCCACCCGG > NC_000913/267230‑267523 | cGGTTAAGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCGgc < 2:1641881/151‑1 (MQ=255) ggTTAAGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCGgcg < 1:1880995/151‑1 (MQ=255) ggTTAAGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCGgcg < 1:1173929/151‑1 (MQ=255) tAAGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCggcggc < 2:1176050/150‑1 (MQ=255) tAAGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCGgcggcg > 2:737101/1‑151 (MQ=255) aaGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCGGCGGCGa < 2:1432085/151‑1 (MQ=255) aGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCGGCGGCGAg < 2:2154522/151‑1 (MQ=255) gTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCGGCGGCGAgg > 1:759655/1‑151 (MQ=255) 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ccACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGc < 2:1147456/150‑1 (MQ=255) cacaGGTCATTGCTCTCATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCAt < 2:2072798/151‑1 (MQ=255) caGGTCATTGCTCTCATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATcc < 1:126231/151‑1 (MQ=255) caGGTCATTGCTCTCATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATcc < 1:1166424/151‑1 (MQ=255) caGGTCATTGCTCTCATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATcc < 1:1675957/151‑1 (MQ=255) cATTGCTCTCATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGttt < 1:562774/151‑1 (MQ=255) cATTGCTCTCATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGtt < 1:956541/150‑1 (MQ=255) tGCTCTCATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTtctc > 1:2130590/1‑151 (MQ=255) tGCTCTCATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTtctc > 2:1517912/1‑151 (MQ=255) gCTCTCATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTctcc > 2:598980/1‑151 (MQ=255) ctctCATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTctcct > 1:1332733/1‑151 (MQ=255) cATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCtcctcc < 1:945396/149‑1 (MQ=255) cATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCtcctcc < 1:197006/149‑1 (MQ=255) cATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCTCCTCCa < 2:1099139/150‑1 (MQ=255) cATCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCTCCTCCa < 2:236620/150‑1 (MQ=255) aTCCTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCTCCTCCAcc < 1:1108273/151‑1 (MQ=255) ccTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCTCCTCCAccc < 1:909243/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCTCCTCCAccc < 2:92446/150‑1 (MQ=255) cTGCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCTCCTCCACCCgg > 1:49734/1‑151 (MQ=255) tGCCCGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGCGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCTCCTCCACCCgg > 1:708486/1‑150 (MQ=255) gCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCTCCTCCACCCgg < 1:993322/149‑1 (MQ=255) gCCGGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCTCCTCCACCCgg < 2:1084338/149‑1 (MQ=255) | CGGTTAAGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCAGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCTCCTCCACCCGG > NC_000913/267230‑267523 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |